更改R中adonis的有效數字？

R中的adonis函數顯然默認爲輸出p值中的3個sig-figs。這可以改變，使更高的信號輸出？更改R中adonis的有效數字？

2016-12-28 Robert Steury

您可以在代碼中看到了'，該p值由 P <計算adonis'功能 - （rowSums（ t（f.perms）> = F.Mod-EPS）+ 1）/（排列+ 1）由於它除以排列的數量，將決定小數位數。 -Keaton Stagaman –

爲什麼你想要3位以上的有效數字？ –

這似乎不清楚你的意思。你是說你想要4個或更多的重要明星的切點？或者你只是想在p值列中看到更多小數位？順便說一句，你應該總是提供一個可重複的例子（可以在'？adonis'文檔頁找到它。） –

我認爲將p值看成超過三位有效數字是一個非常糟糕的主意。然而，adonis已經給你這個，超過999其他排列的號碼：

# Code 
library(vegan) 
data(dune) 
data(dune.env) 
## default test by terms 
adonis(dune ~ Management*A1, data = dune.env, permutations = 1000) 

# Results 
Permutation test for adonis under reduced model 
Terms added sequentially (first to last) 
Permutation: free 
Number of permutations: 1000 

Call: 
adonis(formula = dune ~ Management * A1, data = dune.env, permutations = 1000) 

Permutation: free 
Number of permutations: 1000 

Terms added sequentially (first to last) 

       Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model  R2 Pr(>F) 
Management  3 1.4686 0.48953 3.2629 0.34161 0.001998 ** 
A1    1 0.4409 0.44089 2.9387 0.10256 0.016983 * 
Management:A1 3 0.5892 0.19639 1.3090 0.13705 0.228771 
Residuals  12 1.8004 0.15003   0.41878    
Total   19 4.2990     1.00000

來源

2016-12-28 21:00:18

我想出來謝謝。如果我測試不同的DNA測序深度對我的permanova結果的影響，這是一個壞主意嗎？ –

我不知道這個領域，但它肯定會給你一個錯誤的精確感。 p值是在模型正確的情況下看到數據的概率，並且參數的零假設集合是正確的。由於模型在某種未知的無法量化的方式當然是錯誤的，因此錯誤地對它進行太精確的描述......也許在一個更精確的查詢和背景信息上問一個關於交叉驗證（統計堆棧交換）的新問題？我知道他們已經開發了DNA多重比較統計的整個領域來處理假陽性問題。 –

你不應該混合有效數字的數字和數字的準確性。例如，下面的例子會給你三位以上的有效數字，但是沒有準確的說：'adonis2（dune〜Management * A1，dune.env，permutations = 13）' –

更改R中adonis的有效數字？

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