計算從設置節點到所有其他節點的最短路徑，其中一些節點被禁止路徑

Question

我想在Python中實現以下內容，但不知道從哪裏開始。對於這種類型的最短路徑問題，有沒有好的模塊？

我試圖XYZ的給定集合中，以限定從特定原子（節點）到所有其它原子（節點）的最短路徑座標用於3D化學結構（圖）。原子（節點）之間的鍵是允許從節點到節點的行進的邊緣。

我想根據從選定中心節點向外的連通性從分子（圖）中篩選出某些原子（節點）。

**對於考慮的路徑，我想FORBID特定的原子（節點）被越過。如果從A到B的最短路徑是通過禁止節點的，那麼這個答案是不允許的。從A到B的最短路徑不得包含禁止節點**如果從所選中心原子（A）到另一個其他節點（B）的最短路徑包含禁止節點，並且沒有其他可用路徑可用從A到B通過可用的邊（鍵），然後從最後一組要保存的xyz座標（節點）中刪除節點B.

對於結構（圖）中的所有其他原子（節點），這應該針對A到C，A到D，A到E等重複。

在此先感謝您提供的任何幫助。

Answer 1

確保導致禁止節點的所有邊都具有無限的成本，並且您使用的任何圖遍歷算法都會自動處理。

或者，只是刪除禁止的節點被圖遍歷算法考慮。

Answer 2

要回答你的問題的第一部分，我推薦networkx.這是一個通用的圖形庫，很容易進入（我用它在我的博士學位）。