將輸出存儲到FASTA文件

from Bio import SeqIO 
from Bio import SeqRecord 
from Bio import SeqFeature 
for rec in SeqIO.parse("C:/Users/Siva/Downloads/sequence.gp","genbank"): 
     if rec.features: 
      for feature in rec.features: 
        if feature.type =="Region": 
          seq1 = feature.location.extract(rec).seq 
          print(seq1) 
          SeqIO.write(seq1,"region_AA_output1.fasta","fasta")

我正在嘗試將輸出寫入FASTA文件，但出現錯誤。有誰能夠幫助我？這裏面我有將輸出存儲到FASTA文件

Traceback (most recent call last): 
    File "C:\Users\Siva\Desktop\region_AA.py", line 10, in <module> 
    SeqIO.write(seq1,"region_AA_output1.fasta","fasta") 
    File "C:\Python34\lib\site-packages\Bio\SeqIO\__init__.py", line 472, in  write 
    count = writer_class(fp).write_file(sequences) 
    File "C:\Python34\lib\site-packages\Bio\SeqIO\Interfaces.py", line 211, in write_file 
    count = self.write_records(records) 
    File "C:\Python34\lib\site-packages\Bio\SeqIO\Interfaces.py", line 196, in write_records 
    self.write_record(record) 
    File "C:\Python34\lib\site-packages\Bio\SeqIO\FastaIO.py", line 190, in write_record 
    id = self.clean(record.id)

AttributeError的錯誤：「海峽」對象有沒有屬性「ID」

來源

2015-10-14 Siva Shanmugam

你能從'sequence.gp'中看到一個樣本嗎？ –

首先，你要編寫一個簡單的序列作爲FASTA記錄。一個fasta記錄由一個序列和一個ID行（由「>」前綴）組成。你還沒有提供一個ID，所以fasta作家沒有什麼可寫的。您應該編寫整個記錄，或者通過自己添加ID將序列轉換爲fasta記錄。其次，即使你的方法寫了任何東西，它仍然不斷地將每個新記錄覆蓋到同一個文件中。你最終只會看到文件中的最後一條記錄。

更簡單的方法是將所有內容存儲在列表中，然後在完成循環時寫出整個列表。例如：

new_fasta = [] 
for rec in SeqIO.parse("C:/Users/Siva/Downloads/sequence.gp","genbank"): 
    if rec.features: 
     for feature in rec.features: 
      if feature.type =="Region": 
       seq1 = feature.location.extract(rec).seq 
       # Use an appropriate string for id 
       new_fasta.append('>%s\n%s' % (rec.id, seq1)) 

with open('region_AA_output1.fasta', 'w') as f: 
    f.write('\n'.join(new_fasta))

來源

2015-10-14 12:28:47 iayork

非常感謝。 –

將輸出存儲到FASTA文件

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