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看看在rtracklayer包,特別在以下手冊頁:
?import
?export
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(這可能是一個超級反應遲緩,但因爲我跨過柱來了,我決定舉一個具體的例子。)
這裏是一個具體的例子,我將如何將.bed
轉換爲.wig
。作爲@Paolo暗示,這是一個直接的過程:
library(rtracklayer) #bioconductor
bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip
export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig")
請注意,您import
和export
都有方法(假髮,牀,要人或體重等)。您可以直接使用它們而不指定方法,但指定format
參數。
This GitHub tutorial will be helpful。
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謝謝你......你知道有沒有辦法將牀圖轉換成牀?如何做到這一點? – Anna 2012-04-23 15:06:05
對於生物信息學相關的問題,我建議你在http://www.biostars.org/發佈。例如這個問題http://www.biostars.org/post/show/10141/bedgraph-to-bed/。 – Paolo 2012-04-23 15:36:46