使用C/C++和openMP的R包：如何在「mypackage/src /」文件夾下創建「Makevars」文件？

我正在開發Mac OSX上的R包，其中包含一些低級C/C++代碼和openMP支持。 C++代碼是使用Rcpp包編寫的。我的全球''Makevars''文件被放置在~/.R/文件夾下。該文件如下所示。使用C/C++和openMP的R包：如何在「mypackage/src /」文件夾下創建「Makevars」文件？

CC=clang-omp 
CXX=clang-omp++ 

PKG_CFLAGS=Wall -pedantic 
PKG_CFLAGS= -fopenmp 
PKG_CXXFLAGS= -fopenmp 
PKG_LIBS= -fopenmp -lgomp

在這個配置下一切都很好！

但是，現在我想爲自己的編譯構建特定於包的文件Makevars，以使包可移植。我所嘗試的僅僅是將全球Makevars文件移動到我的R pakcage src文件夾中。然而，編譯器抱怨它無法找到OpenMP的頭文件omp.h：

** libs 
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include" -fopenmp -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o 
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found 
#include <omp.h> 
     ^
1 error generated. 
make: *** [RcppExports.o] Error 1 
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include" -fopenmp -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o 
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found 
#include <omp.h> 
     ^
1 error generated. 
make: *** [RcppExports.o] Error 1

正如你所看到的，編譯器成爲clang和clang++，但不是在Makevars文件中指定的內容：CC=clang-omp和CXX=clang-omp++。

問題1：那麼我該如何解決這個問題並在R包中構建一個Makevars文件？

的另一件事是，我從Writing R extensions注意到，

For example, a package with C code written for OpenMP should have in src/Makevars the lines 

PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) 
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

問題2：是什麼，例如之間的差異，宏觀$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)和標誌-fopenmp？哪一種情況下我應該使用？我試圖用宏替換標誌，但仍然無法解決問題。

來源

2015-10-06 Aaron Zeng

關於問題，我最喜歡的方法是從工作包複製。下面是例如部分從（推薦/核心）封裝mgcv：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) 
PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

我自己和Andreas使用在較小winsorize包相同的片斷（在GitHub）。

關於問題2：第一種形式更通用，並且允許其他OpenMP實現。它使用R發現配置時可用的內容。

來源

2015-10-07 01:25:50

謝謝你的回答，德克。關於問題1，我的問題是，如果我把''Makevars''放在''/ src /''文件夾下，而不是默認的''〜/ .R''，那麼使用''clang-omp' '和''clang-omp ++''編譯器不起作用，如錯誤消息所示。你有什麼線索嗎？這個問題似乎與我如何設置標誌（或宏）無關。 –

你似乎很困惑。忘記包裝的'〜/ .R/Makevars'。它需要的所有內容必須位於src/Makevars中，並且（在CRAN包中）必須是可移植的。所以不要以爲你會得到'clang-ANYTHING'。如果必須的話，通過'configure'測試它。r-package-devel列表可能會有所幫助。 –

聽起來你需要像德克描述的包裹Makevars;對於您的本地環境，請使用CC和CXX將〜/ .R/Makevars設置爲啓用OpenMP的版本的C和C++編譯器。

您的軟件包（如果註定要用於CRAN，並且事實上任何沒有與安裝OpenMP版本的鏗鏘作戰的Mac R用戶）都需要在沒有OpenMP的情況下工作，所以您的代碼和編譯器標誌可能不應該假設它存在。

來源

2015-10-08 01:11:24

使用C/C++和openMP的R包：如何在「mypackage/src /」文件夾下創建「Makevars」文件？

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