2015-09-04 96 views
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我在MacOS運行RStudio,需要使用一些自定義的命令行工具,如csvcut爲多人上我們的團隊將在自己的機器上使用的功能(的csvkit一部分)。加入路徑來RStudio的路徑

如果我在終端運行一個system('pip install csvcut)(我使用這個命令作爲例子;通常我會運行csvcut)R,它起作用(檢查是否安裝了最新版本等),只是就像我從命令行終端那樣做。

如果我從內RStudio同樣的事情:

> system('pip install csvkit') 
sh: pip: command not found 

如果我在終端做which pip和複製地址粘貼到RStudio,它的工作原理:

​​

^這就是輸出如果我只是在終端從R做system('pipinstall csvkit')。我不能在RStudio中運行which pip。 (另外,我不能自動pip install csvkit爲他人的機器,因爲它需要sudo訪問。)如果有一種方法將RStudio指向R的路徑,那將更容易。

我在一些網站上發現了一些說明,用於創建一個.Renviron文件並在其中包含R_LIBS_USER=~/R/library行,但這並沒有幫助。

回答

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嘗試加入這一行到您的.Renviron文件:

PATH=/anaconda3/anaconda/bin:$PATH 
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,沒有工作。不過,當我在RStudio控制檯中鍵入'system('env')'時,我得到這行的輸出:'PATH =/anaconda3/anaconda/bin; $ PATH:/ usr/local/bin:/ usr/bin :/ bin:/ usr/sbin:/ sbin:/ usr/local/git/bin# –

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嘗試使用':'替換';' – pcantalupo

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謝謝!現在它似乎工作。 –