通過WeightedCluster包進行多通道序列分析

我想應用WeightedCluster包中可用的功能來分析通過TraMineR獲得的多通道序列。我想這樣做，但由於多通道序列是由每個通道分開組成的列表，因此我在例如seqtreedisplay()和所有需要sequence object的功能中遇到錯誤。通過WeightedCluster包進行多通道序列分析

這是一個例子：

fullsequences <- list(
    work_sequence2 = work_sequence[which(rownames(work_sequence) %in% commonid),], 
    educ_sequence2 = educ_sequence[which(rownames(educ_sequence) %in% commonid),], 
    part_sequence2 = part_sequence[which(rownames(part_sequence) %in% commonid),], 
    kid_sequence2 = kid_sequence[which(rownames(kid_sequence) %in% commonid),] 
) # a total of 926 with complete sequences on all channels 

multidist <- seqdistmc(
      channels = fullsequences, 
      method = "OM", 
      norm = FALSE, 
      sm = list("TRATE","TRATE","TRATE","TRATE"), 
      with.missing=FALSE, 
      full.matrix=TRUE, 
      link="sum") 

clusterward <- hclust(as.dist(multidist), method = "ward") 

seqtreedisplay(as.seqtree(clusterward, ncluster = 5, 
      seqdata = fullsequences , diss = multidist)) 

Error in seqlegend(seqdata, fontsize = legend.fontsize, title = "Legend", : 
    data is not a sequence object, use seqdef function to create one

是否有在多通道型對象（序列列表）的使用WeightedCluster包的功能的方法。我特別感興趣的是使用初始病房集羣（功能wcKMedioids()）的算法。如果不可能，這是R中集羣多通道的最佳選擇嗎？非常感謝！

來源

2015-09-16 Gina Zetkin

的as.seqtree函數（從WeightedCluster）需要stslist類的對象（如由TraMineRseqdef功能。生產）作爲seqdata參數。在你的情況下，fullsequences是這些對象的列表（並行序列列表），它本身不屬於類stslist。這會導致錯誤。

即使你能夠定義一個並行序列樹，問題在於seqtreedisplay不知道如何繪製並行序列。這意味着您必須爲狀態序列列表定義一個繪圖函數，並使用更一般的disstreedisplay函數而不是seqtreedisplay，將繪圖函數作爲imagefunc參數傳遞。

總而言之，存在兩個問題。首先，您需要一些as.disstree等效的as.seqtree，它們適用於非stslist對象的分層聚類。其次，你需要一個並行序列的繪圖函數。第一個問題純粹是技術問題，應該很容易解決。第二個更概念化。

來源

2015-09-16 13:47:26 Gilbert

通過WeightedCluster包進行多通道序列分析

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