將mol2分子的數據庫拆分爲N個較小組

我從鋅庫（http://zinc.docking.org/）獲得了一大組分子（mol2（http://tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=sup_mol2&s=0））格式。我希望能夠將這個數據庫分成任意一組N個較小的數據庫。 python，bash或perl中最好的腳本方法是什麼？我讀過openbabel，但它只能生成一組單個分子。將mol2分子的數據庫拆分爲N個較小組

如果不是這樣，我也可以MOL2轉換爲另一種更方便的格式

Thaks

2009-12-30 asdf

什麼是執行分割的標準？ – 2009-12-30 11:12:27

csplit可以分出文件到單個分子：如果你想要的東西更聰明，那麼你

csplit ~/Download/zinc.mol2 '/@<TRIPOS>MOLECULE/' '{*}'

可以將每個分子以字符串的形式讀入列表或數組中，然後將每個分子隨意地吐出到每個文件中。

2009-12-30 11:12:37

謝謝 '{*}'有什麼意義？我得到一個錯誤每個mol2分子以TRIPOS標題開頭，如你所說，但以2個空行結束 – asdf 2009-12-30 11:39:22

{*}告訴csplit重複前一個模式，直到文件結束。沒有它，csplit將只創建2個文件，其中一個包含第一個匹配的所有內容，另一個包含從第一個匹配到文件末尾的所有內容。 – 2009-12-30 11:41:52

gracias por la ayuda – asdf 2009-12-30 14:11:57

這裏是一種在Linux做到這一點：

gawk -v RS="@<TRIPOS>MOLECULE" 'NF{ print RS$0 > "zinc"++n".mol2" }' zinc.mol2

2012-08-24 19:31:46 Chimed

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