將包名稱空間導入默認名稱空間

Question

通常，當我使用R並且我想要了解該函數的功能時，我輸入函數的名稱並滾動查看代碼。然而，有時當我輸入函數的名字時，我得到的迴應沒有告訴我任何東西。

> library(limma) 
> plotMDS #can't get to the code 
function (x, ...) 
UseMethod("plotMDS") 
<environment: namespace:limma> 
> limma:::plotMDS 
function (x, ...) 
UseMethod("plotMDS") 
<environment: namespace:limma> 
> heatmap #im expecting something more like this 
function (x, Rowv = NULL, Colv = if (symm) "Rowv" else NULL, 
    distfun = dist, hclustfun = hclust, reorderfun = function(d, 
     w) reorder(d, w), add.expr, symm = FALSE, revC = identical(Colv, 
     "Rowv"), scale = c("row", "column", "none"), na.rm = TRUE, 
    margins = c(5, 5), ColSideColors, RowSideColors, cexRow = 0.2 + 
     1/log10(nr), cexCol = 0.2 + 1/log10(nc), labRow = NULL, 
    labCol = NULL, main = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, keep.dendro = FALSE, 
    verbose = getOption("verbose"), ...) 
{ 
    scale <- if (symm && missing(scale)) 
     "none" 
    else match.arg(scale) 
/* ... many lines removed ... */ 
    } 
    invisible(list(rowInd = rowInd, colInd = colInd, Rowv = if (keep.dendro && 
     doRdend) ddr, Colv = if (keep.dendro && doCdend) ddc)) 
} 
<bytecode: 0x16199b8> 
<environment: namespace:stats> 

因此，我想知道是否有一種方法可以導入包的命名空間爲默認命名空間，所以我可以看看代碼的函數（和調試事情變得更容易）。我一直在閱讀命名空間，但大部分時間是爲開發人員編寫的，所以它正在討論如何導出包的命名空間。

Answer 1

這是一個非常粗糙的替代，但它確實是請求的是什麼：

首先，命名空間中的內容複製到列表中的全球環境：

L <- as.list(asNamespace("yourpackage")) 

現在你可以瀏覽L或複製其所有的內容，同樣命名的全球環境中的對象與此：

invisible(lapply(names(L), function(x) eval(parse(text=paste0(x,"<-L[['",x,"']]")), globalenv()))) 

警告：這將覆蓋whateve你已經用相同的名稱定義了一個對象！所以請小心使用。

Answer 2

plotMDS是通用功能。您通過plotMDS和limma:::plotMDS訪問的內容完全相同，後者效率不高。你想得到的是這個通用函數的方法。

要查看方法的plotMDS列表嘗試

methods(plotMDS) 

，將返回函數名的載體。我無法安裝LIMMA所以這裏就是我們看到底座plot通用[我當前會話]：

> methods(plot) 
[1] plot.acf*   plot.correspondence* plot.data.frame*  
[4] plot.decomposed.ts* plot.default   plot.dendrogram*  
[7] plot.density   plot.ecdf   plot.factor*   
[10] plot.formula*  plot.function  plot.hclust*   
[13] plot.histogram*  plot.HoltWinters* plot.isoreg*   
[16] plot.lda*   plot.lm    plot.mca*   
[19] plot.medpolish*  plot.mlm    plot.ppr*   
[22] plot.prcomp*   plot.princomp*  plot.profile*  
[25] plot.profile.nls* plot.ridgelm*  plot.spec   
[28] plot.stepfun   plot.stl*   plot.table*   
[31] plot.ts    plot.tskernel*  plot.TukeyHSD  

    Non-visible functions are asterisked 

要訪問非星級函數的代碼，我們只需要輸入完整的函數名，例如

> plot.density 
function (x, main = NULL, xlab = NULL, ylab = "Density", type = "l", 
    zero.line = TRUE, ...) 
{ 
.... 

要查看的代碼出演功能/方法所需的pkg:::function結構，例如對於plot.data.frame方法

> plot.data.frame 
Error: object 'plot.data.frame' not found 
> graphics:::plot.data.frame 
function (x, ...) 
{ 
.... 

如果你不知道哪個命名空間的方法屬於，然後用getAnywhere，例如

> getAnywhere(plot.data.frame) 
A single object matching ‘plot.data.frame’ was found 
It was found in the following places 
    registered S3 method for plot from namespace graphics 
    namespace:graphics 
with value 

function (x, ...) 
{ 
.... 

的印刷結果表明相關命名空間（在這種情況下graphics）加上返回的功能，或代碼的值。