Python實現BLAST對齊算法？

是否有人知道BLAST對齊的純Python實現？我想學習這種算法...Python實現BLAST對齊算法？

來源

2010-08-13 234523458

對於我們這些不是計算生物學家的人來說：http： //en.wikipedia.org/wiki/BLAST – 2010-08-13 18:19:12

-1

嘗試尋找到BioPython：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

來源

2010-08-17 06:34:35 poswald

不，biopython沒有實現Blast，它調用了必須獨立安裝的規範ncbi BLAST可執行程序 – joaquin 2012-02-05 14:13:42

其實BLAST算法的完整實現是一個挺難的。它有很多步驟和優化。你可以做的是：看一看O'Reilly的BLAST Book，作爲一個非常好的解釋，看一看NCBI Blast代碼庫，它在第一個洞中很難理解，或者我讓你看看其他的BLAST實現，或者可能是其他算法，如BLAT和Genoogle（http://genoogle.pih.bio.br/）

來源

2011-04-28 08:50:16 Pih

Python實現BLAST對齊算法？

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