使用命令行參數並行運行多個R腳本

我有一個R腳本可以在一條染色體上執行分析。我想爲每個染色體重複運行此腳本（1-22，X和Y）。現在我已經設置了腳本來接受命令行中的一個參數，染色體編號。我想同時向我的服務器提交多個作業，因爲一個染色體的分析需要幾個小時。在玩弄了一些選項並搜索了所有內容之後，我仍然不確定最佳選擇是什麼，因爲我從未將任務併入服務器（Sun Grid Engine服務器）。我看着GNU parallel，但我不確定如何使用它，或者它甚至運行R腳本。也許把所有東西都放在shell腳本中並提交給服務器？這是一個非常基本的問題，但任何方向將不勝感激！使用命令行參數並行運行多個R腳本

來源

2014-11-06 kinsigne

你讀過https://www.biostars.org/p/63816/ pi.dk/1 pi.dk/4 – 2014-11-06 19:35:15

顯示你現在怎麼辦的代碼示例。 – 2014-11-06 19:36:26

是的，我現在實際上已經打開了這個窗口。那麼這種方法將與R腳本一起工作？現在我沒有任何東西我只知道我可以使用'Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ' – kinsigne 2014-11-06 19:45:28

parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y

來源

2014-11-06 21:02:54

從命令行調用此命令似乎正常工作。我試圖將它提交給服務器，但是當我從.sh腳本中或直接從'qsub 並行Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} XY'調用它時，它說'無法讀取腳本文件由於錯誤：打開並行的錯誤：沒有這樣的文件或目錄。有任何想法嗎？ – kinsigne 2014-11-06 22:32:31

顯示通常情況下qsub作業的示例。 – 2014-11-07 00:04:38

使用GNU 使與選項-j，與染色體的名字你的[R腳本替換__CHROM__。

chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 

define method1 

$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R 
    cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > [email protected] 

endef 

all: $(addsuffix .out,$(chroms)) 

$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C))))

來源

2014-11-06 21:49:53 Pierre

使用命令行參數並行運行多個R腳本

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