Python：取得一個非矩形區域的GLCM

我一直在使用滑動圖像的SLIC實現來分割超像素中的圖像。我希望使用GLCM從這些超像素中提取附加特徵來解決分類問題。這些超像素不是矩形的。在MATLAB中，您可以將像素設置爲NaN，並且它們將被算法忽略（link）。我可以用它來製作超像素周圍的邊界框，然後將未使用的像素設置爲NaN。Python：取得一個非矩形區域的GLCM

然而，skimage中的greycomatrix函數與MATLAB實現完全不一樣。將像素設置爲NaN時，函數在斷言上失敗，以檢查所有值是否都大於0.

是否有可用於非矩形ROI的Python實現？

來源

2016-11-20 Habba

問題是你必須通過一個整數數組到greycomatrix，但np.nan有float（看看this thread瞭解詳情）。因此，您不能將ROI以外的像素編碼爲NaN。

處理非矩形ROI的近似解決方法是將ROI外部的像素設置爲0並使用mahotas庫中的函數haralick。該函數返回從四個不同的GLCM中提取的13個Haralick特徵，對應於四個2-D方向和距離參數的特定值。

從文檔：

ignore_zeros可用於具有功能忽略任何零值像素（作爲背景）。

總之，你需要屏蔽那些落在ROI之外的像素，以及在調用haralick設置ignore_zeros到True。

DEMO

首先，讓我們產生了一些模擬數據：

In [213]: import numpy as np 

In [214]: shape = (3, 4) 

In [215]: levels = 8 

In [216]: np.random.seed(2017) 

In [217]: x = np.random.randint(0, levels, size=shape) 

In [218]: x 
Out[218]: 
array([[3, 1, 6, 5], 
     [2, 0, 2, 2], 
     [3, 7, 7, 7]])

然後，我們必須刪除所有從圖像中0作爲這種方法的強度爲零級別是爲ROI外部的像素保留的。值得指出的是，合併強度0和1成單一強度1引入結果的不準確性。

In [219]: x[x == 0] = 1 

In [220]: x 
Out[220]: 
array([[3, 1, 6, 5], 
     [2, 1, 2, 2], 
     [3, 7, 7, 7]])

接着步驟包括限定用於ROI之外的像素的掩模（在此玩具實例中，圖像的四個角）和那些像素設置爲0。

In [221]: non_roi = np.zeros(shape=shape, dtype=np.bool) 

In [222]: non_roi[np.ix_([0, -1], [0, -1])] = True 

In [223]: non_roi 
Out[223]: 
array([[ True, False, False, True], 
     [False, False, False, False], 
     [ True, False, False, True]], dtype=bool) 

In [224]: x[non_roi] = 0 

In [225]: x 
Out[225]: 
array([[0, 1, 6, 0], 
     [2, 1, 2, 2], 
     [0, 7, 7, 0]])

我們現在可以從非矩形ROI的GLCM的執行特徵提取：

In [226]: import mahotas.features.texture as mht 

In [227]: features = mht.haralick(x, ignore_zeros=True) 

In [228]: features.size 
Out[228]: 52 

In [229]: features.ravel() 
Out[229]: array([ 0.18  , 5.4  , 0.5254833 , ..., 0.81127812, 
     -0.68810414, 0.96300727])

這可能是有用的檢查共生矩陣的外觀。例如，「右側像素」GLCM將是：

In [230]: mht.cooccurence(x, 0) 
Out[230]: 
array([[0, 1, 0, ..., 0, 1, 2], 
     [1, 0, 2, ..., 0, 1, 0], 
     [0, 2, 2, ..., 0, 0, 0], 
     ..., 
     [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0], 
     [1, 1, 0, ..., 0, 0, 0], 
     [2, 0, 0, ..., 0, 0, 2]])

來源

2017-03-16 15:05:11 Tonechas

Python：取得一個非矩形區域的GLCM

回答

相關問題