R Studio：Overlay heatmap

Question

我對編碼非常陌生，遇到了一個問題，我無法在網上找到解決方案。

我有兩個數據矩陣，我想合併成一個熱圖。矩陣在時間上包含細胞的紅色和綠色熒光強度。我希望heatmap的顏色反映熒光強度（白色或黑色，當兩者都低時，紅色時紅色高，綠色時綠色高時，黃色時，都低）。

從紅色和綠色之間的比例創建熱圖與我想要的類似，但沒有給出有關絕對熒光強度的任何信息。

我可以在Illustrator中創建兩個單獨的熱圖並覆蓋它們，但這1.不太優雅，2.不允許我將這些單元聚合在一起，3.當在Illustrator中使顏色變得透明時，紅色和綠色變成棕色而不是黃色，兩種顏色都很微弱。

我現在試圖總結一下我的兩個值。據我所知，這隻能通過創建一個RGB值來實現。但是現在我已經獲得了每個時間點的RGB值，所以我無法將它們放到一個圖中。

代碼：

繪製比在熱圖：

heatmap.2(ratio_narm, 
     trace="none", 
     col = col, 
     breaks = breaks, 
     dendrogram='none', 
     Rowv="NA", 
    ) 

與（熔化）RGB數據ggplot繪製：

ggplot(data=RGB, aes(x=RGB$Timepoint, y=RGB$`Track ID`, fill=RGB$`RGB value`)) 

Answer 1

你可以按照這個方法。它會在兩個矩陣中找到低值或高值並設置預定義值。

# data 
set.seed(12385) 
m1 <- matrix(runif(100),10,10) 
m2 <- matrix(runif(100),10,10) 
# thresholds 
low <- 0.2 
high <- 0.8 
# matrix with values 0 (both are low), 0.5 (both are average), 1 (both are high) 
m3 <- matrix(rep(0.5,100),10,10) 
# set the groups by filtering 
m3[ m1 < low & m2 < low ] <- 0 
m3[ m1 > high & m2 > high ] <- 1 
# low in m1, not considering m2 
m3[ m1 < low ] <- 0.75 
# or low in m1, but normal in m2 
m3[ m1 < low & (m2 > low & m2 < high) ] <- 0.75 
# ... you can define more conditions as you like 

# plot the heatmap 
heatmap.2(m3, 
      scale="none",trace="none", 
      col = c("black","grey","red","yellow"))