使用不同參數運行同一程序的多個實例的PBS

如何多次運行相同的程序，但通過PBS提交的集羣上的每個實例都有不同的參數。另外，是否有可能將這些程序中的每一個指定給單獨的節點？目前，如果我有一個PBS與下面的腳本：使用不同參數運行同一程序的多個實例的PBS

#PBS -l nodes=1:ppn=1 
/myscript

它將運行單個程序一次，在一個節點上。如果我使用下面的腳本：

#PBS -l nodes=1:ppn=1 
/mscript -arg arg1 & 
/myscript -arg arg2

我相信這會運行每個程序在串行，但它只會使用一個節點。我可以聲明多個節點，然後將特定的節點委託給我希望運行的程序的每個實例嗎？

任何幫助或建議將非常感激。我很抱歉，如果我不清楚任何事情或者使用不正確的術語......我對集羣計算非常陌生。

來源

2013-02-13 abovezero

你想用MPI的形式來做到這一點。 MPI代表消息傳遞接口，並且有許多實現接口的庫。我建議使用OpenMPI，因爲它與PBS很好地集成。正如你說你是新的，你可能會明白這一點tutorial.

來源

2013-02-21 00:46:05 dbeer

GNU Parallel將是理想的用於這一目的。一個例子PBS腳本您的情況：

#PBS -l nodes=2:ppn=4 # set ppn for however many cores per node on your cluster 
#Other PBS directives 

module load gnu-parallel # this will depend on your cluster setup 

parallel -j4 --sshloginfile $PBS_NODEFILE /mscript -arg {} \ 
    ::: arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 arg6 arg7 arg8

GNU Parallel將處理SSH連接到各個節點。我已經在命令行中寫出了帶有參數的示例，但您可能想要從文本文件中讀取參數。這裏有鏈接到man page和tutorial。選項-j4應該與ppn（每個節點的核心數量）匹配。

來源

2015-05-16 21:17:32

使用不同參數運行同一程序的多個實例的PBS

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