指示條形圖中的統計顯着性差異使用R

Question

這是最初在這裏提出的一個問題的重複：Indicating the statistically significant difference in bar graph但要求R代替python。

我的問題很簡單。如果可能的話，我想在R中產生條形圖，並指示不同條形之間的顯着差異，例如，如果可能，使用ggplot2。產生這樣的東西。我搜索了一下，但是找不到另一個問題完全一樣的問題。

Answer 1

您可以使用geom_path()和annotate()得到類似的結果。對於這個例子，你必須自己決定合適的位置。在geom_path()提供了四個數字來獲得連接線的小滴答。

df<-data.frame(group=c("A","B","C","D"),numb=c(12,24,36,48)) 
g<-ggplot(df,aes(group,numb))+geom_bar(stat="identity") 
g+geom_path(x=c(1,1,2,2),y=c(25,26,26,25))+ 
    geom_path(x=c(2,2,3,3),y=c(37,38,38,37))+ 
    geom_path(x=c(3,3,4,4),y=c(49,50,50,49))+ 
    annotate("text",x=1.5,y=27,label="p=0.012")+ 
    annotate("text",x=2.5,y=39,label="p<0.0001")+ 
    annotate("text",x=3.5,y=51,label="p<0.0001") 

Answer 2

我從上面使用所提出的方法，但我發現用於製備比geom_path函數行註釋功能更容易。只需使用「段」而不是「文本」。你必須按細分市場細分，併爲每條線段定義開始和結束的x和y值。

例如製作3行段：

annotate("segment", x=c(1,1,2),xend=c(1,2,2), y= c(125,130,130), yend=c(130,130,125)) 

Answer 3

我知道這是一個老問題，並通過Didzis Elferts答案已經爲這個問題的解決方案。但我最近建立了一個ggplot擴展，簡化了添加的意義棒的全過程：ggsignif

代替繁瑣加入geom_path和annotate你的陰謀，你只需要添加一個單層geom_signif：

library(ggplot2) 
library(ggsignif) 

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
       map_signif_level=TRUE) 

該軟件包的完整文檔可在CRAN獲取。