創建CP保留母體結構

Question

符號鏈接，我有以下文件夾結構：

. 
`-- top_level/ 
    |-- sub-01_ses-01/ 
    | `-- filtered_data.tar.gz* 
    |-- sub-01_ses-02/ 
    | `-- filtered_data.tar.gz* 
    |-- sub-02_ses-01/ 
    | `-- filtered_data.tar.gz* 
    |-- sub-02_ses-02/ 
    | `-- filtered_data.tar.gz* 

我想創建符號鏈接到這些文件保存於母體結構（因爲它們都具有相同的文件名）。 這裏是我的嘗試：

find -name "filtered_data.tar.gz" \ 
    -exec cp -s --parents --no-clobber -t /home/data/filtered {} \; 

現在，我注意到，CP不會創建父結構，但符號鏈接失敗，我得到通知如下：

CP：'/home/data/filtered/./sub-01_ses-01/filtered_data.tar.gz'：可以使僅在當前目錄中的相對符號鏈接

我想了解爲什麼會發生這種情況，以及cp警告是如何告訴我的。此外，任何關於如何解決這個問題的指針將不勝感激。

Answer 1

發現這裏的解決方案：symlink-copying a directory hierarchy

的文件的路徑cp必須是絕對的，而不是./something。所以，這應該適合你：

find $(pwd) -name "filtered_data.tar.gz" \ 
    -exec cp -s --parents --no-clobber -t /home/data/filtered {} \; 

根據你對你真的想做什麼的評論，這是一個Python腳本。你應該可以調整它。

#!/usr/bin/env python3 

import os 

target_filename = 'filtered_data.tar.gz' 
top_src_dir = '.' 
top_dest_dir = 'dest' 

# Walk the source directory recursively looking for 
# target_filename 
for parent, dirs, files in os.walk(top_src_dir): 
    # debugging 
    # print(parent, dirs, files) 

    # Skip this directory if target_filename not found 
    if target_filename not in files: 
     continue 

    # Strip off all path parts except the immediate parent 
    local_parent = os.path.split(parent)[-1] 
    # Compute the full, relative path to the symlink 
    dest_file = os.path.join(top_dest_dir, local_parent, target_filename) 

    # debugging 
    # print('{} {}'.format(dest_file, os.path.exists(dest_file))) 

    # Nothing to do if it already exists 
    if os.path.exists(dest_file): 
     print('{} already exists'.format(dest_file)) 
     continue 

    # Make sure the destination path exists 
    dest_dir = os.path.dirname(dest_file) 
    os.makedirs(dest_dir, exist_ok=True) 

    # Translate the relative path to target_filename 
    # to be relative based on the new destination dir 
    src_file = os.path.join(parent, target_filename) 
    src_file = os.path.relpath(src_file, start=dest_dir) 

    os.symlink(src_file, dest_file) 
    print('{} --> {}'.format(dest_file, src_file))