可選參數Python？

我需要創建一個名爲extractGenes.py可選參數Python？

命令行參數需要採取2個OR 3參數的程序：

-s是一個可選參數，或開關，指示用戶wwants的剪接的基因序列（去除內含子）。該用戶沒有提供這個（意思是，他希望整個基因序列），但他沒有提供它，然後它必須是第一個參數
輸入文件（基因）
輸出文件（程序將創建存儲的fasta文件

該文件包含這樣的線路：

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,

不過，我不是確定如何將-s可選參數包含到啓動功能中。

於是我開始：

getGenes(-s, input, output): 
fp = open(input, 'r') 
wp = open(output, "w")

，但我不能確定如何包括-s。

來源

2012-04-21 Peter Hanson

這種情況是很簡單的直接使用sys.argv：

import sys 

spliced = False 
if '-s' in sys.argv: 
    spliced = True 
    sys.argv.remove('-s') 
infile, outfile = sys.argv[1:]

另外，您還可以使用更強大的工具，如argparse和optparse生成一個命令行解析器：

import argparse 

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes') 
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes') 
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format') 
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns') 

if __name__ == '__main__': 
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split()) 
    print vars(result)

來源

2012-04-21 16:51:14

這就是我一直在尋找的，感謝所有的幫助！ – 2012-04-21 17:57:32

樂意幫忙:-) – 2012-04-21 19:27:43

@RaymondHettinger，很好，我以前沒有用過argparse。順便說一句，我看到你在PyCon上談論簡單的AI，它很棒。 – zallarak 2012-04-22 19:13:40

Argparse是一個Python庫，它可以爲您處理可選的參數。 http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse

來源

2012-04-21 16:49:47 dm03514

我對Python來說是新的並且不確定如何將argparse合併到程序中。我理解上面的評論，但因爲我需要-s成爲第一個參數，所以我不明白如何使它成爲條件... – 2012-04-21 16:57:18

@PatrickCampbell - dm在我輸入我的答案時回答，但我的解決方案正好使用他建議的圖書館（這確實是**圖書館在這種情況下使用的...） – mac 2012-04-21 17:00:30

謝謝!!!!!! – 2012-04-21 17:02:02

嘗試這樣：

def getGenes(input, output, s=False): 
    if s: 
     ... 
    else: 
     ...

如果你輸入2個參數，S會是虛假的; getGenes（輸入，輸出）

如果使用3個參數調用getGenes（），s將是第3個參數，因此在這種情況下使用任何非False值調用它都會產生else子句。

來源

2012-04-21 16:50:55 zallarak

這裏的問題是，無論什麼原因，-s必須是第一個參數 – 2012-04-21 16:55:19

@PatrickCampbell爲什麼，爲什麼命令行上的參數順序必須反映程序中某個函數的參數順序？ – delnan 2012-04-21 16:58:10

我真的不知道爲什麼順序很重要，我希望我不必這樣做，但我被指示...... – 2012-04-21 17:02:37

可選參數Python？

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