將變量傳遞給其他程序

在bash shell中，我有一個打印一組名稱的變量。現在我想附加一個擴展名。我有以下名稱的序列文件：將變量傳遞給其他程序

Meoh_R1.fastq 
Meoh_R2.fastq 
R3G_R1.fastq 
R3G_R2.fastq

我已經存儲通用名稱（Meoh和R3G在一個變量中）。在bash我運行沒有任何問題下面的腳本：

# Stores common names in variable `i` (meoh and r3g) 
for i in $(ls ./raw_reads | grep ^[^d]| rev | cut -c 10- | rev | uniq) 
do 
    # Make direcotry for fastqc 
    mkdir -p ${i%}_fastqc 
    # Run fastqc 
    fastqc -o ./${i%}_fastqc -f fastq ./rnaseq/${i%}_R1.fastq ./rnaseq/${i%}_R2.fastq 
done

現在我運行下面的代碼是不工作：

filelist=$(ls ./raw_reads | grep ^[^d]| rev | cut -c 10- | rev | uniq) 
mkdir -p ${i%}_fastqc 
fastqc -o ./${filelist%}_fastqc -f fastq ./rnaseq/${filelist%}_R1.fastq ./rnaseq/${filelist%}_R2.fastq

上面的代碼不會產生像上面提供的工作代碼單獨的文件夾。

來源

2016-04-29 ssv

爲什麼你寫'$ {i％}'而不是'$ {i}'？如果你不在後面放任何東西，'％'修飾符不會做任何事情。 – Barmar

您不能將整個文件列表變量放在一個命令行中。它不會自動分割並重復每個元素的命令。你需要像你一樣使用循環。 – Barmar

這裏是一種沒有環獲得通過：

filelist=$(ls ./raw_reads | grep ^[^d]| rev | cut -c 10- | rev | uniq) 
echo "$filelist" | sed 's/.*/&_fastqc/' | xargs mkdir -p 
echo "$filelist" | xargs -I{} fastqc -o ./{}_fastqc -f fastq ./rnaseq/{}_R1.fastq ./rnaseq/{}_R2.fastq

這將作爲循環同樣的效果，不過，在每個輸入文件運行fastqc一次。

來源

2016-04-30 07:34:52 webb

將變量傳遞給其他程序

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