使用roxygen2記錄數據集

Question

我試圖使用roxygen2記錄R程序包中的一些數據集。這些考慮只有一個：

• 我mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
• ，內含CpG.human.GRCh37

• 的對象，一個名爲：mypkg/R/cpg-data.R，其中包含：

  #' @name CpG.human.GRCh37 
  #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19 
  #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands, 
  #' with coordinates based on the GRCh37/hg19 genome build. 
  #' @docType data 
  #' @usage CpG.human.GRCh37 
  #' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island. 
  #' @source UCSC Table Browser 
  #' @author Mark Cowley, 2012-03-05 
  #' @export 
  NULL 
  

當我roxygenize，這被創建mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd，包含：

\docType{data} 
    \name{CpG.human.GRCh37} 
    \alias{CpG.human.GRCh37} 
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19} 
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.} 
    \source{ 
     UCSC Table Browser 
    } 
    \description{ 
     This data set list the genomic locations of human CpG 
     islands, with coordinates based on the GRCh37/hg19 
     genome build. 
    } 
    \author{ 
     Mark Cowley, 2012-03-05 
    } 
    \usage{CpG.human.GRCh37} 
    \keyword{datasets} 

和export(CpG.human.GRCh37)獲取了NAMESPACE文件。

但是當我R CMD CHECK我得到：

... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
    undefined exports: CpG.human.GRCh37 
Error: loading failed 
... 

無處有我告訴R其中找到此數據集，但我會假設mypkg/data/<name>.RDa將是一個很好的第一個猜想。 任何提示都會很棒。

如果哈德利在看，我注意到\ usage部分沒有被創建，並且@ usage指令被忽略。

我使用roxygen-2.2.2，R上2.13.1

Answer 1

這要求2個修復：

1. 如圖Writing R extensions 1.1.5，Data in packages解釋的，對象保存爲.rda代替的.RDa
2. 刪除@export從Roxygen