在R中使用pvclust進行聚類分析

我想對某些列（變量）進行聚類分析，比如var 5-var10。爲此，我在R中使用了pvclust。現在，我想將這一列的簇添加到實際的數據框中。任何人都可以幫我解決這個問題。我使用的代碼下面給出：在R中使用pvclust進行聚類分析

group <- sqldf("select cq14x1_1,cq14x1_2,cq14x1_3,cq14x1_4,cq14x1_5,cq14x1_6,cq14x1_7, from parma_1") 
fit_1 <- pvclust(group,method.hclust="ward",method.dist="euclidean") 
group_2 <- (fit_1,alpha=.90)

來源

2011-06-10 Beta

在包'pvclust'中讀取'pvclust'的幫助文件，在我看來，'pvclust'計算聚類的p值。下面的聚類實際上是使用'hclust'完成的。請參閱'？hclust'及其示例以獲取有關如何執行層次聚類分析的幫助。 – Andrie 2011-06-11 07:18:06

-1使用sqldf的東西，可以做平凡和方式更快使用基地R ;-) – mbq 2011-06-12 16:14:35

我使用sqldf，因爲我更舒適的使用sql查詢。我不知道你怎麼能爲某些偏好設置負面的標記？ – Beta 2011-06-13 14:19:28

如果問題加上一欄，一個數據幀，只需使用：

yourdataframe <- cbind(yourdataframe, newcolumn)

如果這不是你的問題，嘗試澄清問題。

來源

2011-06-12 16:00:58 nico

其實我想將定義新集羣的列添加到主數據集中。我正在使用cbind選項。但不幸的是它是錯誤的。 newdataset = cbind（group，group_2）data.frame中的錯誤（...，check.names = FALSE）：參數意味着行數不同：199，0 – Beta 2011-06-13 15:36:29

@ user697363：呃...你沒有分配任何東西給'group2'你在代碼中放了一些括號，但是你沒有調用任何函數......所以它的長度爲0，你不能'將它'與數據幀'綁定'。 – nico 2011-06-13 15:43:19

你能告訴我如何糾正這個問題。我想在當前數據集中添加一個新列，其中新列包含來自pvclust的集羣。我可以用hclust來做。但正如我上面提到的，我想用pvclust而不是hclust。 – Beta 2011-06-13 15:53:30

pvclust函數的輸出是一個包含hclust元素的對象（檢出部分Value）。 hclust基本上是聚類的樹形表示（描述爲here），並且可以被進一步饋送到產生組變量的函數cutree。看看cutree的文檔page。您需要這3個函數來生成原始數據的實際集羣成員資格，然後可以按照@nico的建議輕鬆添加到您的數據框中。

來源

2016-05-03 09:52:31 davidski

謝謝戴維斯基！ – Beta 2016-05-09 11:15:42

很高興提供幫助。讓我們知道這是否能解決您的問題和/或引發新問題。 – davidski 2016-05-09 16:44:40

在R中使用pvclust進行聚類分析

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