2016-05-18 32 views
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在我的努力來解決這裏提到的問題: MonetDB connect to GO.db within R code that is run in-databaseMonetDB嵌入式R代碼裏面調試

我繼續複製從WGCNA我需要我自己的包並安裝它的代碼。很明顯,我現在可以加載包沒有任何問題(因爲我不需要GO.db部分)。

但是,我似乎遇到另一個問題:

服務器說「錯誤運行R的表達!錯誤消息:Error in .C(「corFast」,x = as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx = as.integer(ncol(x)),:。

我確實想用從WGCNA更快心病功能,但顯然調用C現在創建的另一個問題。 不幸的是,該消息不豐富。我已經嘗試以交互方式運行查詢並添加調試到聲明。這並沒有給我提供更多的信息。

有什麼我可以做,以增加冗長,讓我可以調試理線?

我也試過:

options(monetdb.debug.query=F) 

這之前的查詢產生了一點額外的輸出,但發生的錯誤沒有多餘的輸出。

使用漢納斯Muehleisen的建議,我說:

options(monetdb.debug.mapi=T) 

它加點的詳細信息,這使我進一步進行了一下。我現在堅持以下錯誤,它似乎再次被截斷。

QQ:'SELECT * FROM cor_test();' TX:'sSELECT * FROM cor_test(); ; RX: '!運行R表達式時出錯。錯誤消息:錯誤.C(「corFast」,x = as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx = as.integer(ncol(x)),:!「corFast 「不適用於.C()for 程序包」MRMRF錯誤.local(conn,語句,...):無法執行 執行語句'SELECT * FROM cor_test();'。服務器說'錯誤 運行R錯誤消息:錯誤.C(「corFast」,x = as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx = as.integer(ncol(x)), : 」。

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明天就要到了這裏對不起延遲 –

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@HannesMühleisen我想我知道你昨天在忙什麼。 :) – wligtenberg

回答

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是的,這是一個已知的問題,即只返回錯誤信息的第一線,我們應該解決這個問題。我總是用stop(whatever)從UDF內返回一些信息。

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是否有一個快速和髒的修復,我可以做到的源代碼? (我之前已經從源代碼編譯它:)) – wligtenberg

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實際上嘗試設置'options(monetdb.debug.mapi = T)'並查看您是否看到更多輸出。 –

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這確實爲我提供了更多信息!謝謝。 – wligtenberg