如何在Debian中安裝tophat？

Question

我嘗試過搜索並嘗試一切。我的系統中安裝了bowtie，samtools和libbam-dev。在運行./configure我收到此錯誤：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the 
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library 
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment 
and do not give a PATH to --with-bam option. 

如何解決這個錯誤，安裝頂禮帽？

Answer 1

SAMtools必須預先打包，否則TopHat不能使用它們。所以：

1. 從源頭開始構建BAM。獲取它在http://samtools.sourceforge.net/。
2. 選擇BAM安裝文件夾（我把它稱爲安裝下面）。
3. 將所有C頭文件複製到安裝/include/bam。
4. 複製libbam.a到安裝/lib。
5. 地方samtools你的道路上的二進制。
6. 對於高頂禮帽，嘗試的./configure --with-BAM = 安裝
7. 如果沒有一些奇怪的原因，則嘗試還出口BAM_ROOT = 運行的./configure之前安裝。