製作一個複雜的yaml從R

Question

我想從R製作yaml格式文件。我知道有這樣的工作包，但它的例子是如此簡單，我的對象有點棘手！

，所以我想提出類似下面的，但我不知道我應該如何塑造它爲R對象（數據幀？！）：

tree: 
    format: newick 
    translate: ./My_example-1.translation 
    file: ./Xtol_example-1.tree 
tracks: 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.catdomain 

    rel_height: 0.6 
    title: Catalytic domain 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.kingdom 
    rel_height: 0.6 
    title: Itsname 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.temp 

Answer 1

我短的建議 - 不要用YAML與R.

（編者注：看來，這裏記載，至今已修復的問題 - 見註釋）。

1期

R中的yaml包似乎不可用，但真正的問題似乎與R有關。但是，再次，直到我看到這個問題時，我纔對yaml感到困擾，所以可能在我對整個問題。

要成功創建有問題的yaml，在某些時候，我們必須有一個不是列表的向量列表（跟蹤）。我認爲在R中沒有辦法做到這一點。只要我們將元素添加到列表的向量中，向量就會變成列表。我猜矢量只能採用固定大小的元素（因此簡化了操作，因此性能良好，因此矢量化建議的數量非常豐富）。

對於像數字，整數等簡單原子類型，我想R解釋器已經知道它們的大小（這是固定的）。但是，如果元素是一個列表，那麼這種奢侈就會丟失，並且向量被轉換爲一個列表，以便它可以處理元素（列表）的不同大小。

因此，存在不能列表的載體，其爲不是列表，我們有嚴重的問題，將數據變換和從YAML在R.

問題2

將R YAML包記錄不完整，我無法弄清楚它是如何解決這個問題的。我猜想它可能會用慣例來解決它。所以我試圖做的是這個（並且這種方法也可以解決你的問題） - 將yaml作爲R對象導入，然後嘗試將該R對象轉換爲yaml。

library("yaml") 
z <- yaml.load(
"tree: 
    format: newick 
    translate: ./My_example-1.translation 
    file: ./Xtol_example-1.tree 
tracks: 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.catdomain 

    rel_height: 0.6 
    title: Catalytic domain 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.kingdom 
    rel_height: 0.6 
    title: Itsname 
    - class: colorstrip 
    source: ./My_example-1.temp") 
names(z) 
names(z$tracks) 
y <- as.yaml(z) 

正如你所看到的，它不起作用。我想你可以通過不嘗試與R使用yaml來節省很多痛苦。你可以考慮使用XML或類似的東西。

Answer 2

從CRAN：

http://cran.r-project.org/web/packages/yaml/index.html

我不確定你的原始數據是什麼樣子，但希望這可以讓你開始。