用matplotlib繪製更新的樹狀圖

Question

我使用scipy.cluster.hierarchy中的dendogram函數生成樹狀圖。我創建樹形圖並使用它：

linkage_matrix = ward(dist) 
dendrogram(linkage_matrix, orientation="left", labels=names) 

plt.tight_layout() 
plt.show() 

一切工作正常，直到現在。我想要做的是更新樹狀圖的葉標記並繪製一個新的樹形圖。我嘗試了兩種方式：

1. 使用這裏提到的leaf_label_func爲：https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.dendrogram.html

但這都不盡如人意。我得到一個錯誤，n不存在，這實際上是真的。函數中沒有n。

1. 手動更新名稱的樹狀圖列表，然後將其添加到樹狀圖。

`

linkage_matrix = ward(dist) 

dend = dendrogram(linkage_matrix, orientation="left", labels=names) 

leaf_names = dend['ivl'] 

for idx, item in enumerate(leaf_names): 
    if 'c' in item: 
     item = item+'_c' 
     leaf_names[idx] = item 

    if 'i' in item: 
     item = item+'_i' 
     leaf_names[idx] = item 

dend['ivl'] = leaf_names 


plt.tight_layout() 
plt.show() 

` 

然而，這正顯示出劇情依然是樹狀圖的舊版本，但如果我print(dend)，新葉的名字似乎是在那裏。我在這裏做錯了什麼？

Answer 1

可以適應你的需要更新dendogram的例子：

from matplotlib import pyplot as plt 
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage 
import numpy as np 
from pylab import * 
import time 
ion() 
for i in range(10): 
    #update here your dendogram values : 
    dist=[12.12,15.485,18.45,4.4,13.684,float(i+1)] 
    Z=linkage(dist) 
    # calculate it again : 
    dendrogram(Z, orientation="left") 
    # draw it again : 
    draw() 
    #wait 1 second between two update : 
    pause(1)