[R無法升級後加載互聯網例程的MacOS塞拉利昂

當我的Mac升級到10.12.6（塞拉利昂）運行後，R，R，可以不再裝載庫或訪問Internet上任何東西：[R無法升級後加載互聯網例程的MacOS塞拉利昂

> install.packages("devtools") 
--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
Warning: failed to download mirrors file (internet routines cannot be loaded); using local file '/anaconda/lib/R/doc/CRAN_mirrors.csv'

[ ...]

Warning: unable to access index for repository 
https://cran.cnr.berkeley.edu/src/contrib: 

internet routines cannot be loaded 
Warning messages: 
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
unable to load shared object '/anaconda/lib/R/modules//internet.so': 
dlopen(/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib 
Referenced from: /anaconda/lib/R/modules//internet.so 
Reason: image not found 
2: package ‘devtools’ is not available (for R version 3.4.1)

同理：

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    internet routines cannot be loaded 
In addition: Warning message: 
In file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    unable to load shared object '/anaconda/lib/R/modules//internet.so': 
    dlopen(/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib 
    Referenced from: /anaconda/lib/R/modules//internet.so 
    Reason: image not found

發生這種情況既當我從終端運行R和當我運行從RS [R tudio（雖然RStudio只給我錯誤，不是警告，然後仍然失敗）。

我發現過去有其他類似問題的人;一個常見的解決方案是重新安裝XQuartz，這是我所做的，但沒有幫助。

另一個常見的解決方案是更新LD_LIBRARY_PATH。但是，'libssh2.1.dylib'似乎並不存在：'locate libssh2.1.dylib'不會返回任何內容。我確實在/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/lib/libssh2.dylib中找到了libssh2.dylib，這大概是同樣的事情，但我認爲R沒有找到它。

任何想法？謝謝！

來源

2017-08-30 Lucian

編輯：我找到了一個簡單的解決方案。只需下載.tar文件，並在保存.tar文件的目錄中使用命令'R CMD INSTALL mcmcse_1.3-2.tar'，例如，在終端中。

我認爲在macOS Sierra（安裝了軟件包管理器Anaconda）的R上不工作的install.packages（'package_name'）可能是因爲Anaconda移動了R的路徑。

只是在macOS Sierra 10.12.6上使用Anaconda 4.2.0和R 3.4.1標記相同問題的答覆。我最初在/ usr/bin/R中運行R 3.4.0，但在安裝Anaconda 4.2.0後，R在/ Users/[username]/anaconda/bin/R中成爲R 3.4.1。

Warning: unable to access index for repository https://www.stats.bris.ac.uk/R/src/contrib: 
    internet routines cannot be loaded 
Warning messages: 
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
    unable to load shared object '/Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so': 
    dlopen(/Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so, 6): Library not loaded: @rpath/libssh2.1.dylib 
    Referenced from: /Users/michaelfaulknerlocal/anaconda/lib/R/modules//internet.so 
    Reason: image not found 
2: package ‘mcmcse’ is not available (for R version 3.4.1)

來源

2017-08-31 12:15:50 mfaulkner1989

感謝您的支持！這指出我在Anaconda是罪魁禍首，並且最終我發現我的原始R（在/ usr/local/bin/R中）按照它應該的方式工作。該問題在Anaconda 4.4.0中持續存在;希望他們能儘快解決它。 – Lucian

這原來是，據我所知，在Anaconda2-4.4.0-的MacOSX-x86_64.pkg的錯誤我在/，/應用/和/用戶有蟒蛇/目錄/ [我] /：我刪除了所有這些，並將Anaconda PATH更改刪除到.bash_profile。 R然後恢復到/ usr/local/bin/R，它沒有上面報告的互聯網連接問題。然後我重新安裝了Anaconda，然後從Anaconda-Navigator安裝了RStudio。 'R'現在指向/ Users/[me]/anaconda/bin/R（PATH在安裝後再次更改），並且存在互聯網連接問題。直接運行/ usr/local/bin/R，即使安裝了Anaconda也沒有問題。

我已經將錯誤提交爲https://github.com/Anaconda-Platform/support/issues/137，但現在至少可以使用/ usr/local/bin/R運行R自己。

來源

2017-09-11 20:09:23 Lucian

解決方法：https：//github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/4421#issuecomment-327033866 – Lucian

[R無法升級後加載互聯網例程的MacOS塞拉利昂

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