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我試圖在大數據幀上運行t測試。數據框包含列中的CpG站點和行中的案例/控制組。R在大數據幀中的T測試
樣品的數據的:
Type cg00000029 cg00000108 cg00000109 cg00000165 cg00000236 cg00000289
1 Normal.01 0.32605 0.89785 0.73910 0.30960 0.80654 0.60874
2 Normal.05 0.28981 0.89931 0.72506 0.29963 0.81649 0.62527
3 Normal.11 0.25767 0.90689 0.77163 0.27489 0.83556 0.66264
4 Normal.15 0.26599 0.89893 0.75909 0.30317 0.81778 0.71451
5 Normal.18 0.29924 0.89284 0.75974 0.33740 0.83017 0.69799
6 Normal.20 0.27242 0.90849 0.76260 0.27898 0.84248 0.68689
7 Normal.21 0.22222 0.89940 0.72887 0.25004 0.80569 0.69102
8 Normal.22 0.28861 0.89895 0.80707 0.42462 0.86252 0.61141
9 Normal.24 0.43764 0.89720 0.82701 0.35888 0.78328 0.65301
10 Normal.57 0.26827 0.91092 0.73839 0.30372 0.81349 0.66338
有10個 「正常」 的類型和62 「的情況下」 的類型(正常=行1-10,殼體=行11-62)。
我試圖運行在16384個CpG位點以下的t檢驗,但只退回72 p值:
t.result <- apply(data[1:72,], 2, function (x) t.test(x[1:10],x[11:72],paired=FALSE))
data$p_value <- unlist(lapply(t.result, function(x) x$p.value))
data$fdr <- p.adjust(data$p_value, method = "fdr")
任何幫助將非常感激。
我想你的意思是說正常= 1-10行,case = 11-62 –
所以會有10 * 62 = 620't-tests'吧? –
@SandipanDey很好。編輯糾正。 – statsguyz