在python中使用subprocess.call的多堆stdin

我正在面對一個在python中使用subprocess.call操作符的尷尬問題。我必須多次運行流水線程序（bowtie），然後以不同的方式使用輸出。爲此，我使用subprocess.call。在python中使用subprocess.call的多堆stdin

問題是領結需要輸入2個文件，一個索引和一個文本文件，我無法將它們都分配給stdin參數。

我已經嘗試過在args中包含索引的路徑，但當然bowtie不會將它識別爲索引並給我一個錯誤。既然這個指標總是一樣的，有沒有辦法避免這個問題？

這裏是我的工作（非常原始）的部分代碼：

inpath = "/media/2tbhd/workdata/nanocage_noadapt/zf/fasta/zf_ad_c_r2.fasta" 
ind_path = "indexes/zf_gen_topl" 
for elem in plist: 
     cmd = subprocess.call(["bowtie","-f","-v 3", "--best" "--suppress 6,7" "-p 6"], shell = True, stdin = inpath, ind_path)

來源

2012-04-03 WarioBrega

如何從命令行調用'bowtie'？您不能將任何編程語言中的兩個文件分配給標準輸入，我知道...「 – mgilson 2012-04-03 18:11:26

」但當然，領結不會將其識別爲索引並給我一個錯誤「 - 它具體給出了什麼錯誤消息？ – 2012-04-03 18:13:22

請嘗試編寫一個簡單的shell命令，以您想要的方式調用bowtie，並查看它是否有效。如果它確實起作用，請將其粘貼到此處，並且如何將其轉換爲subprocess.call函數將會更容易。如果它不起作用，我可以試着弄清楚你對bowtie做錯了什麼。 – weronika 2012-04-03 21:56:55

我不知道什麼bowtie，但在我看來，你的電話應該是這樣的：

cmd = subprocess.call(['bowtie','-f',inpath,'-v','3', '--best','--suppress','6,7','-p','6',ind_path])

通常情況下，您將參數列表傳遞給子進程，與您在命令行中使用它們完全相同。如果您知道命令行的外觀，您可以使用美妙的shlex模塊來分割命令。例如：

import shlex 
import subprocess 
cmd=subprocess.call(shlex.split("ls -al"))

來源

2012-04-03 18:24:24 mgilson

如果您輸入的文件實際上是一個文件（這是它看起來像在你的例子），而不是從其他一些工藝管道的數據，我不認爲你應該在你的子使用STDIN .call功能！
據我所知，你不能通過STDIN提供索引到正常的命令行領結 - 它必須是一個文件。所以這肯定是一個普通的論點，而不是來自STDIN。

這是怎麼了，我通常稱之爲領結從腳本（同時與輸入文件和索引文件，沒有STDIN使用）：

subprocess.call(["bowtie %s %s %s %s"(full_options,indexname,infile,outfile)], 
       shell=True)

凡full_options是像'-f -m1 -v1 --best --tryhard -S --sam-nosq'和indexname是一樣的東西'Chlre4nm_cassette_new_m' （這是一個形式爲Chlre4nm_cassette_new_m。*。ebwt的索引文件名集的基名，位於由shell環境變量$BOWTIE_INDEXES給出的目錄中，這是bowtie檢測其索引文件的方式）。

我意識到我可能使用subprocess.call很糟糕，應該將我的命令/選項/參數拆分成類似於其他答案的列表 - 這是舊代碼，但它確實有效。

來源

2012-04-03 21:53:20 weronika

你打電話給我的方式（我相信）你不需要把「bowtie％s ...」放在一個列表中...我認爲subprocess.call會接受一個字符串。將字符串拆分爲列表的好處是，您可以刪除對應該更高效的shell的依賴性，並且不太容易受到惡意用戶的攻擊......如果腳本如果供您使用（並且您不是惡意的），並且性能不是問題，那麼您認爲我的意見完全可以接受... – mgilson 2012-04-04 00:55:36

@mgilson - 很高興知道，謝謝！我知道這是行得通的（它是我實際使用的代碼），但我不知道是否有任何理由將它分成列表。一個問題：「刪除對shell的依賴」究竟意味着什麼？我在問，因爲我不確定可以爲蝴蝶結做到這一點，因爲它依賴於$ BOWTIE_INDEXES shell變量來查找它的索引文件 - 如果我設置shell = False它仍然可以工作嗎？ – weronika 2012-04-04 01:03:44

我的印象是subprocess實際上會產生一個新的shell（/ bin/sh）來執行這個命令，但是這個文檔在這一點上實際上是模糊的......但是，它確實表示它相當於產生一個新shell ...無論如何，如果在環境中設置shell變量，應該由python和python創建的任何子進程繼承它（除非使用env關鍵字...）http：//docs.python .ORG /庫/ subprocess.html＃POPEN構造函數 – mgilson 2012-04-04 01:10:07

在python中使用subprocess.call的多堆stdin

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