推薦使用shell執行多個shell命令的方法（）

Question

在snakemake中，推薦使用shell（）函數執行多個命令的方式是什麼？

Answer 1

您可以在規則的run塊內調用shell()多次（規則可以指定run:而非shell:）：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    run: 
     shell("somecommand {input} > tempfile") 
     shell("othercommand tempfile {output}") 

否則，由於運行塊接受Python代碼，你可以建立一個列表命令字符串和遍歷他們：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    run: 
     commands = [ 
      "somecommand {input} > tempfile", 
      "othercommand tempfile {output}" 
     ] 
     for c in commands: 
      shell(c) 

如果沒有規則的執行過程中需要Python代碼，你可以在中使用三引號字符串塊，然後像在shell腳本中那樣編寫命令。這可以說是最可讀純殼規則：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    shell: 
     """ 
     somecommand {input} > tempfile 
     othercommand tempfile {output} 
     """ 

如果殼命令取決於成功/前面的命令的故障時，它們可以與通常的外殼腳本運營商如||和&&接合：

rule processing_step: 
    input: 
     # [...] 
    output: 
     # [...] 
    shell: 
     "command_one && echo 'command_one worked' || echo 'command_one failed'"