將樹形圖添加到ggplot2熱圖

Question

此處新建R用戶。 我正在嘗試向使用ggplot2創建的這個熱圖添加一個樹形圖。我怎樣才能做到這一點？我已將我的代碼添加到下面的熱圖中。

#Mtcars using ggplots and reshape2 
install.packages("ggplot2") 
library(ggplot2) 
intall.packages("reshape2") 
library(reshape2) 
data(mtcars) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] #subset to 6 genres 

cor(Cars) # 6x6 cor matrix 

#ggplot likes the data 'melted' one value per row 
m <-melt(cor(Cars)) 
p <- ggplot(data=m, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile() 
p 

#set up a coloring scheme using colorRampPalette 
red=rgb(1,0,0); green=rgb(0,1,0); blue=rgb(0,0,1); black=rgb(0,0,0) 
RtoBrange<-colorRampPalette(c(red, black)) 
BtoGrange<-colorRampPalette(c(black, green)) 

p <- p + scale_fill_gradient2(low=RtoBrange(100), mid="black",   high=BtoGrange(100)) 
p 

感謝您的幫助，

夏洛特

Answer 1

使用heatmap.2功能在gplots包（https://cran.r-project.org/web/packages/gplots/gplots.pdf），它會自動添加一個樹形圖的熱圖。使用你的例子：

install.packages("gplots") 
library(gplots) 

data(mtcars) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] 

mycolors <- colorRampPalette(c("red", "black", "green")) 
heatmap.2(cor(Cars), trace = "none", col = mycolors) 

Answer 2

這是一個有點棘手，因爲不是所有的作品都完全準備好，但它是我在heatmaply開始走到這一步工作的目的。如果您對此感興趣，以便積極地使用樹狀圖創建交互式熱點圖，則應該查看heatmaply vignette。

如果您對靜態熱圖感興趣，我相信現有的軟件包已經做得很好，因此重新開發這個軟件可能不值得。 但是，如果這仍然是你想做的事，這裏是它的主要步驟：

1. 產生樹狀對象
2. 情節GGPLOT2
3. 樹狀對象創建的方式，將熱圖從樹形尊重行（或列的順序
4. 合併的對象。

步驟1可以使用hclust和as.dendrogram，步驟2需要噸他來自dendextend的[as.ggdend][2]函數。第3步可以使用heatmaply :: heatmapr + heatmaply ::: ggplot_heatmap（目前隱藏，但將來會公開這種類型的東西）。第4步是棘手的​​，我目前無法「足夠好」地工作，因爲這些元素的比例並不好。

我將其封裝到一個新的ggheatmap函數中，並將其上傳到heatmaply on github。但是這需要更多的工作，所以我願意提出要求。在此期間，這裏是如何做到這一點：

devtools::install_github("ropensci/plotly") # you will probably benefit from the latest version of plotly 
devtools::install_github('talgalili/heatmaply') 

library(heatmaply) 
x <- heatmapr(iris[,-5], scale = "column", colors = "Blues") 
ggheatmap(x) 

輸出看起來是這樣的：

由於我使用GGally::ggmatrix我似乎無法控制每個的比例目的。有可能是更多的在其他方面做的（就像對付標籤的佈局，添加的側面顏色圖例 - 等）

Answer 3

或者嘗試heatmap3功能：

library(heatmap3) 
Cars <- mtcars[c(1:7)] 
heatmap3(cor(Cars), scale = "none", sym = T)