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標題可能有點不清楚,但爲了給出一個簡單的解釋,我正在將一些生物網絡如蛋白質網絡應用於編程。我想使用廣度優先搜索來計算一些值。下面是我當前使用的網絡的一個例子: sample network某些網絡的python數據結構,廣度優先搜索

在一個側面說明,僅僅因爲一個節點未命名並不意味着它不是一個節點。只是意味着它的名字對於網絡來說並不重要。

簡單的例子: Simple Network

我在這裏的問題是,我需要表示該網絡有數據結構,這是我需要使用來計算每個節點的2個值:

  • 節點的信號路徑數量(從輸入到輸出有多少路徑包含節點)

  • 節點的反饋迴路數量(多少個迴路p ATHS節點處於)

我需要計算爲網絡中的每節點的這些值。 Python浮現在腦海中,因爲它是生物信息學的標準,但我對可能內置結構的其他語言開放。在Python中,唯一想到的就是某種形式的DFA /字典來處理這些類型的網絡,但我在這裏發佈這個問題來看看其他人是否有更好的主意。

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https://networkx.github.io/ – GloriaVictis

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我花了一些時間瀏覽它,並且似乎沒有作爲一種使用結構來計算我想要的結果的方法,這是每個節點的路徑和反饋迴路。 – witcheR

回答

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NetworkX運行良好。如果您閱讀documentation的第4.39.2節,您將看到如何使用NetworkX執行BFS