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標題可能有點不清楚,但爲了給出一個簡單的解釋,我正在將一些生物網絡如蛋白質網絡應用於編程。我想使用廣度優先搜索來計算一些值。下面是我當前使用的網絡的一個例子: 某些網絡的python數據結構,廣度優先搜索
在一個側面說明,僅僅因爲一個節點未命名並不意味着它不是一個節點。只是意味着它的名字對於網絡來說並不重要。
我在這裏的問題是,我需要表示該網絡有數據結構,這是我需要使用來計算每個節點的2個值:
節點的信號路徑數量(從輸入到輸出有多少路徑包含節點)
節點的反饋迴路數量(多少個迴路p ATHS節點處於)
我需要計算爲網絡中的每單節點的這些值。 Python浮現在腦海中,因爲它是生物信息學的標準,但我對可能內置結構的其他語言開放。在Python中,唯一想到的就是某種形式的DFA /字典來處理這些類型的網絡,但我在這裏發佈這個問題來看看其他人是否有更好的主意。
https://networkx.github.io/ – GloriaVictis
我花了一些時間瀏覽它,並且似乎沒有作爲一種使用結構來計算我想要的結果的方法,這是每個節點的路徑和反饋迴路。 – witcheR