R：僅基於名稱和標籤可視化關係

我需要關於如何僅基於名稱和標籤可視化表格的相似性的建議。 Pie爲我工作，但我需要展示某種相似性：例如tree3和tree10共享相同的功能 - 這裏是鏈接。我需要簡單的解決方案RCircos似乎正在做我所需要的，但我迷失在文檔中，可能我需要更簡單的東西。謝謝！R：僅基於名稱和標籤可視化關係

name feature 
3 feature1 
10 feature1 
10 feature2 
3 feature2 
6 feature2 
7 feature2 
8 feature2 
3 feature3 
6 feature3 
1 feature3 
2 feature3 
2 feature3 
6 feature3 
10 feature3 
2 feature4 
3 feature4 
3 feature4 
10 feature4 
4 feature5 
5 feature5 
9 feature5 
10 feature5

來源

2014-11-02 John Amraph

RCircos是不是一個基本函數。如果它存在於包中，則需要命名該包。（沒有鏈接。） – 2014-11-02 17:07:48

我發現circlize有一個選項chordDiagram可以很好地完成這個技巧。但我正在尋找更好的選擇 – 2014-11-02 18:32:02

我開始想我可以在'vcd'軟件包中給你看一個名爲'mosaic'的整潔可視化函數，但是效果並不好。原因如下：yoyu提供的數據對於正確使用繪圖程序來說太稀疏了。看看錶格的輸出：

require(vcd) # "visualizing categorical data" 
with(dat, table(name, feature)) 
#------------ 
    feature 
name feature1 feature2 feature3 feature4 feature5 
    1   0  0  1  0  0 
    2   0  0  2  1  0 
    3   1  1  1  2  0 
    4   0  0  0  0  1 
    5   0  0  0  0  1 
    6   0  1  2  0  0 
    7   0  1  0  0  0 
    8   0  1  0  0  0 
    9   0  0  0  0  1 
    10  1  1  1  1  1

在我看來，這似乎是顯示少量數據的最佳方式。大量空白的「細胞」是需要了解的一個重要方面，並且可以立即看到具有多個值的少數細胞。

現在看看情節。上面的標籤很容易讓人誤解，因爲第一個名稱類別由其單一值的100％主導爲「feature3」。

png(); mosaic(with(dat, table(name, feature))); dev.off()

enter image description here

而這持續了其他類別的命名標籤在任何合理的方式排隊。但是，如果這只是一個玩具數據樣本，並且實際日期更密集，則鑲嵌圖可能對顯示相同圖中的相對關聯和邊際比例非常有幫助。如果顛倒的參數的順序來table你「名」

enter image description here

一個更好一點的比例。但同樣的稀疏性導致缺乏標籤與價值的良好關聯。如果這實際上來自基於樹的分析，則應該顯示該樹，而不是抽象出沒有其基礎結構的要素的名稱。

來源

2014-11-02 17:05:59

謝謝！我會添加顏色，這將是完美的。 – 2014-11-02 18:41:53

我以爲你的回答比較好。（你可以勾選你自己的答案。） – 2014-11-03 20:35:06

它不適用於高清數據，我的表格要大得多。 – 2014-11-03 21:41:26

我發現了一個有趣的解決方案

dat <- read.table("dat.txt", header=T) 
dat <- with(dat, table(name, feature)) 
library(circlize) 
chordDiagram(as.matrix(dat), transparency = 0.5)

enter image description here

來源

2014-11-02 18:41:28

現在我需要找到一個函數來使顏色名稱變灰，同時保持特徵顏色不變。 – 2014-11-02 19:05:25

R：僅基於名稱和標籤可視化關係

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