qsub正在csh中執行我的bash腳本儘管shebang

我想向我的大學的Sungrid計算集羣提交一個bash腳本來在循環中運行可執行文件。當我登錄到服務器，我在bash：qsub正在csh中執行我的bash腳本儘管shebang

$ echo $SHELL 
/bin/bash

我包括在腳本的頂部，一個bash家當，我傳遞給的qsub：

$ cat shell_sub 
#!/bin/bash 
#$ -N bSS_s13 
#$ -o logs/bSS_s13.log 
#$ -j y 
#$ -cwd 

echo $SHELL > shell.txt

但是，當我提交上面的腳本：

qsub shell_sub

相反，它執行CSH：

$ cat shell.txt 
/bin/csh

如何強制qsub使用bash而不是csh來執行腳本？

您在羣集上獲得的shell類型是什麼？（echo $ SHELL） –

@Finch_Powers它說'csh' ...所以我的整個職位是一個XY問題。我將編輯以關注實際問題。 – ApproachingDarknessFish

嘗試明確執行bash：bash -c「echo $ SHELL」 – Steve

您可以使用-S來設置提交作業的外殼（至少在扭矩中）。

例如：qsub shell_sub -S /bin/bash

2017-03-14 22:23:02 dbeer

最有可能你的隊列被配置有作爲shell_start_modeposix_compliant和所定義的shell被列爲/bin/csh（這是默認值）。檢查此：

$ qconf -sq <name-of-queue> | grep shell 
shell     /bin/bash 
shell_start_mode  unix_behavior

如果你不知道你的隊列的名稱，它可能是all.q。

如果shell_start_mode是posix_compliant，那麼家當行被忽略並且作業（如果它不是二進制提交：-b y）開始由shell設置所定義的殼。
- 爲什麼？從man page：「POSIX不認爲第一個腳本行註釋如'＃！/ bin/csh'是重要的。因此批量排隊系統（P1003.2d）的POSIX標準需要一個兼容的排隊系統來忽略這些行，但改爲使用用戶指定或配置的默認命令解釋器。「
如果shell_start_mode是unix_behavior，那麼家當線被用來確定作業的shell。

您可以要求您的管理員考慮更改隊列設置。

2017-03-15 20:00:35 kgutwin

輸出是'shell/bin/csh shell_start_mode posix_compliant'，所以你已經解決了爲什麼這種情況正在發生的奧祕。謝謝！ – ApproachingDarknessFish

回答