慶典 - 在子目錄中，重命名FASTA頭和文件名 - 添加前綴

Question

我的文件結構的一個簡單的例子是這樣的：

/Assemblies/A_velvet/contigs.fasta 
/Assemblies/A_velvet/info.log 
/Assemblies/BB_velvet/contigs.fasta 
/Assemblies/BB_velvet/info.log 

我想編寫一個腳本，我可以通過大會目錄 - 然後它會：

1. 遍歷每個子目錄（A_velvet，BB_velvet） - 採取應變名（A，BB）將其添加爲前綴（即A_contigs.fasta，A_file.log。）中的所有文件。
2. 將相同的前綴添加到contigs.fasta文件中的fasta標頭中。 也許使用sed命令替換（'s /> NODE /> $ {name}/g'）？

我發現很多非常密切相關的問題，但似乎無法使它們工作。很感謝任何形式的幫助！這是我的代碼到目前爲止：

#!/bin/bash 
#Run with: ./test.sh <assembly_directory> 
#dir= directory with all assemblies inside it 
dir=$1 
for subdir in $dir 
do 
    if [ -d "${subdir}" ]; then 
    name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`; 
    echo "${subdir} name ${name}" 
     for * in $subdir; 
     `do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done 
    fi 
done  

Answer 1

您的循環目錄的內容的方法是行不通的。在第一種情況下，循環中唯一的項目是$ dir。我不確定你在第二種情況下想要做什麼。嘗試這樣的：

dir=$1 
for subdir in `ls $dir` 
do 
    if [ -d "${subdir}" ]; then 
     name=`basename $subdir|cut -d '_' -f 1`; 
     echo "${subdir} name ${name}" 
     for file in `ls $subdir`; 
     do mv "$file" "$subdir/${name}_$(basename "$file")"; done 
    fi 
done