將參數傳遞給perl腳本執行槽qsub

嗨想要傳遞一個參數給我的perl腳本，應該通過qsub執行。於是我運行：將參數傳遞給perl腳本執行槽qsub

qsub -l nodes=node01 -v "i=500" Test.pl

雖然Test.pl我試着打電話給我分幾路參數：

use Getopt::Long; 
$result = GetOptions ("i" => \$num); 
open(FILE,">/data/home/FILEout.txt"); 
    print FILE "$num\n";    
    print FILE "$ARGV[0]";  
close(FILE);

可惜的是Perl腳本的輸出文件總是空的。

你有什麼建議嗎？我錯在哪裏？請幫助

來源

2013-03-28 desmo

這個'Test.pl'的輸出是什麼：'use Data :: Dumper;打開（$ FH，「>/data/home/FILEout.txt」）或者死掉$ !;本地$ Data :: Dumper :: Terse = 1;本地$ Data :: Dumper :: Indent = 0; print（$ FH Dumper（\ @ ARGV），「\ n」）; print（$ FH join（'，'，keys（％ENV）），「\ n」）;'？ – ikegami 2013-03-28 12:13:53

@ikegami我真的很感謝你的幫助。 Test.pl的輸出如下：'PBS_NODEFILE，PBS_O_SHELL，PBS_O_SYSTEM，SSH_ASKPASS，PBS_O_WORKDIR，PBS_O_LANG，PBS_O_MAIL，PBS_O_PATH，LESSOPEN，PBS_JOBCOOKIE，PWD，LANG，USER，PBS_O_HOST，G_BROKEN_FILENAMES，LOGNAME，PBS_JOBID，SHLVL，INPUTRC， PATH，PBS_ENVIRONMENT，PBS_O_QUEUE，OMP_NUM_THREADS，PBS_QUEUE，HISTSIZE，PBS_O_HOME，PBS_MOMPORT，HOME，MAIL，PBS_O_LOGNAME，TZ，PBS_NODENUM，PBS_TASKNUM，NCPUS，HOSTNAME，_，LS_COLORS，SHELL，PBS_JOBNAME，PBS_JOBDIR，TMPDIR， qsub -l nodes = node01 -v「i = 500」Test.pl' – desmo 2013-03-28 13:26:32

and @ARGV is empty – desmo 2013-03-28 13:36:46

根據所有文檔，我可以找到-v設置一個環境var，所以你會使用$ENV{i}得到500。（檢查自己的文檔進行確認。）

如果你想真正的ARG傳遞給你的腳本，你可以嘗試使用

qsub ... Test.pl -i=500

但基於我的網絡搜索，這可能只是工作對於某些版本的qsub。其他人會要求你做一個輔助腳本（說Test.sh）

#!/bin/sh 
Test.pl "-i=$i"

與命令一起

qsub ... -v 'i=500' Test.sh

如果qsub ... Test.pl ...args...支持，你可以改變你的腳本，最簡單的解決方法是

qsub ... Test.pl 500

and

my ($i) = @ARGV;

來源

2013-03-28 11:18:21 ikegami

感謝您的幫助。我正在使用PBRProfessional 10.4。它不支持'qsub ... Test.pl -i = 500'，你怎麼建議-v設置一個環境變量。所以我改變了我的腳本，並添加了'use Env;打印文件「$ ENV {i}」;'但沒有任何改變。你知道爲什麼嗎？ Thans再次 – desmo 2013-03-28 12:03:08

@desmo，不，我只有文檔可以通過，我發現的所有文檔都顯示'-v'設置環境變量。（請注意'use Env;'在這裏沒有任何用處。）我爲我的答案添加了一個替代解決方案（使用助手腳本），但它也假設'-v'設置了環境變量。 – ikegami 2013-03-28 12:08:26

我終於得到了與PBRProfessional 10.4一起使用的解決方案。

有兩種方式來解決這個問題：

第一個是以下

echo "perl /path/to/Test.pl -i 500" | qsub -l nodes=node06

第二個是兩個用

qsub -l nodes=node06 -v i=500 Test.pl

，並通過閱讀在Test.pl參數$ ENV {i}

來源

2013-03-28 21:12:11 desmo

將參數傳遞給perl腳本執行槽qsub

回答

相關問題