將NetLogo數據導出到帶有節點和邊緣的圖形

Question

我在NetLogo中的代理（海龜）之間創建了一些鏈接。這個鏈接將在每個時間步驟改變。我的目標是將這些數據（即海龜和它們之間的鏈接）導出到帶有頂點（海龜）邊緣（鏈接）的圖形中，這些頂點可以作爲Gephi的輸入。當它與Gephi鏈接時，是否可以查看圖表中netlogo中發生的更改？有人可以幫我嗎。謝謝。

Answer 1

要以Gephi可用的格式導出您的網絡數據，我建議使用來自NetLogo的NW Extension的nw:save-graphml基元。這將產生一個文件在GraphML file format，格菲可以閱讀。

我想你可能在每個時間步長重新保存您的網絡和覆蓋你的文件，但我不知道是否Gephi可以動態顯示更改。根據網絡的大小，它可能會很慢。

Answer 2

您是否試圖使用Gephi來查看網絡在由NetLogo生成的網絡變化中隨時間變化的情況？這就是@ NicolasPayette的回答所暗示的，所以我會做出同樣的假設。

格芬可以顯示「動態圖表」，即隨時間變化的網絡。我的理解是，有兩種文件格式可以讓Gephi導入動態圖形：GEXF，以及Gephi稱爲"Spreadsheet"的特殊CSV（逗號分隔）格式。 Nicolas提到GraphML，這是一個非常好的網絡數據格式，但它不處理動態圖。據我所知，NetLogo不生成GEXF或Gephi的「電子表格」格式。

但是，Gephi Spreadsheet格式非常簡單，編寫一個NetLogo過程並不困難，該過程會以該格式寫入文件。此過程將在每個NetLogo打勾上將新行寫入「電子表格」CSV文件。然後Gephi可以讀取文件，並且能夠及時來回移動，看看圖形如何變化。 （您可能需要使用一些試驗和錯誤來了解如何編寫基於Gephi網站上的description的電子表格文件。）

Answer 3

另一種選擇是使用圖形流協議在線顯示演變圖。插件NetLogo以及gephi爲此提供支持。