Bash grep某事。然後找到位置

Question

我一直想知道這個問題; 說，我第一次嘗試從文件中grep的一些行：

cat 101127_2.bam |grep 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 

然後，它會彈出含有該字符串的整條生產線。 但是，我們可以使用一些簡單的bash代碼來定位此字符串所在的行嗎？ （？100第1000 ...）

Answer 1

grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 101127_2.bam 

我發現它使用man grep和寫作/line number

//編輯：感謝@Keith湯普森我編輯後從cat file | grep -n pattern到grep -n pattern file，我是在一個趕緊抱歉

Answer 2

試試這個：

cat 101127_2.bam |grep -n 'TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA' 

Answer 3

這可能會爲你工作了：

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=;d' 101127_2.bam 

或

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/=' 101127_2.bam 

將上述溶液僅輸出匹配行號，以查看匹配線太：

sed '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/!d;=' 101127_2.bam 

或

sed -n '/TGATTACTTGCTTTATTTTAGTGTTTAATTTGTTCTTTTCTAATAA/{=;p}' 101127_2.bam