在Linux上以批處理模式運行R：輸出問題

我在Linux集羣上運行R程序，因爲它對我的處理器要求非常高。我的程序旨在將多個（大約15個）圖作爲PDF輸出到程序收集其輸入的文件夾中。在Linux上以批處理模式運行R：輸出問題

我想我的程序在後臺運行，並繼續運行，當我退出集羣。

首先，我想這一點：

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory 
nohup ./BatchProgram.R &

然而，這並沒有工作，因爲它附加輸出到一個名爲nohup.out文件，並沒有任何輸出的PDF文件，我需要的。

接下來，我想這：

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory 
R #to run R 
source(‘BatchProgram.R’) #to run my program

這給了我所需要的輸出，但沒有在後臺運行的程序（當我退出集羣將停止）。

有人能夠啓發我如何獲得我的第二代碼塊的輸出，同時在後臺運行程序並使其即使在註銷Linux羣集後也能繼續運行（如第一個塊的代碼）？

非常感謝！

來源

2012-07-23 MikeZ

是'tmux'不是一種選擇？ – Justin 2012-07-23 20:20:54

nohup在後臺運行命令，使其忽略告知其停止的信號（例如，註銷時），並將輸出重定向到文件。但它必須是一個可執行的命令：您可能在nohup.out中有錯誤消息，告訴您無法運行BatchProgram.R。

下面應該工作：

nohup Rscript ./BatchProgram.R &

來源

2012-07-24 00:21:45

這工作很好，謝謝，文森特！出於好奇 - 「Rscript」命令實際上做了什麼？ – MikeZ 2012-07-24 13:37:13

它只是運行一個R腳本，但沒有交互式解釋器。它可以在命令行'Rscript my_script.R'或腳本的第一行'＃！/ usr/bin/Rscript'中使用，以便能夠直接運行它，如./my_script。 R'（在這種情況下，您還需要使用'chmod + x'使腳本可執行）。它幾乎等同於'R CMD BATCH'，但不需要其他選項（在另一個答案中爲'--slave'）。 – 2012-07-24 14:01:24

測試溶液中，u可以嘗試也使得它的nohup「版本，但究竟會呈現良好適合我。使得bash腳本（例如run_R.sh）如下：然後

#!/bin/sh 
R CMD BATCH --slave ./_your_R_script_name.R & 
exit 0

，使其可以運行

chmod +x run_R.sh

和運行文件一樣，

./run_R.sh

有時你只能得到閃爍的光標（取決於什麼Linux發行你的工作），但簡單的按「Enter」鍵繼續

來源

2012-07-23 20:29:52

+1。我更喜歡使用'R CMD BATCH'，因爲它將所有內容輸出到「日誌」文件，也就是'.Rout'文件。 – Banjer 2014-08-25 13:40:55

在Linux上以批處理模式運行R：輸出問題

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