ggplot2關於錯誤的警告，我不能使用`na.rm = T`禁用

Question

當您使用ggplot2繪圖時，它會警告您是否自動刪除錯誤。
我希望能夠禁用該特定警告或將na.rm的默認設置設爲真正的系統範圍，但這不可能AFAIK。

我知道我可以通過爲每個geom指定na.rm=T來禁用它。但是，當ggplot生成我沒有明確指定的更多geom時，這會失敗。在下面的例子中，我會使用我的原始數據獲得每個圖的三個警告（當我面向它時，有10個警告，所以你可以看到這在knitr報告中變得煩人）。 我可以用na.rm=T來抑制兩個警告，但關於geom_segment的第三個警告我不能。順便說一句，它也發生在mtcars中，所以我以此爲例。

警告消息：含有缺失值（geom_segment） 刪除23行。

ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d", na.rm=T) + 
    geom_pointrange(stat = "summary", fun.data = "mean_cl_boot", colour = "#6c92b2", na.rm=T) 

直到我想出解決辦法，我可以使用warning=FALSE對違規塊，但我真的不喜歡的是，由於它可能會抑制我關心的警告。我也可以在數據集上使用na.omit，但是要弄清楚我將在圖中使用哪些變量，這有很多工作和語法。

Answer 1

我想避免這種情況的唯一方法不是使用stat_summary，而是自己計算彙總統計。對於你的例子來說這沒有問題，但我承認這通常不是一個令人滿意的解決方案。

# load dplyr package used to calculate summary 
require(dplyr) 
# calculate summary statistics 
df <- mtcars %>% group_by(disp) %>% do(mean_cl_boot(.$wt)) 
# use geom_point and geom_segment with na.rm=TRUE 
ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d") + 
    geom_point(data = df, aes(x = disp, y = y), colour = "#6c92b2") + 
    geom_segment(data = df, aes(x = disp, xend = disp, y = ymin, yend = ymax), colour = "#6c92b2", na.rm=TRUE) 

或者，您可以編寫自己的mean_cl_boot版本。如果ymin或ymax是NA只是將它們設置爲值y。

# your summary function 
my_mean_cl_boot <- function(x, ...){ 
    res <- mean_cl_boot(x, ...) 
    res[is.na(res$ymin), "ymin"] <- res[is.na(res$ymin), "y"] 
    res[is.na(res$ymax), "ymax"] <- res[is.na(res$ymax), "y"] 
    na.omit(res) 
} 
# plotting command 
ggplot(data=mtcars, aes(x = disp, y = wt)) + 
    geom_linerange(stat = "summary", fun.data = "median_hilow", colour = "#aec05d", na.rm=T) + 
    geom_pointrange(stat = "summary", fun.data = "my_mean_cl_boot", colour = "#6c92b2", na.rm=T)