結合SpatialPointsDataFrame和SpatialPolygonsDataFrame錯誤：最大返回的密集矩陣大小超過

Question

我想在SpatialPolygonsDataFrame（info）上結合一個1000x1000m的SpatialPointsDataFrame（網格）來聚合每個網格正方形內所有點的信息。

我試過代碼：

combined <- intersect(info, grid)

但我recive這個錯誤：

Error in RGEOSBinPredFunc(spgeom1, spgeom2, byid, func) : 
    rgeos_binpredfunc_prepared: maximum returned dense matrix size exceeded 

有anotherway做我想做什麼，或者解決錯誤？

Answer 1

該錯誤表明您正在使您的記憶力最大化。一種解決方案是分解你的數據集，並做大塊相交。新的SF軟件包使得使用dplyr動詞變得更容易一些。添加一列來定義塊，然後嘗試以下操作：

combined <- info %>% 
    group_by(chuncks) %>% 
    do(sf::st_intersection(., grid)) 

爲了加快進程，你也可以嘗試拆分數據集中到chuncks的列表，然後應用st_intersection功能並行。這要快得多。

#import packages 
library(foreach) 
library(doParallel) 

#setup parallel backend to use 8 processors 
cl<-makeCluster(4) 
registerDoParallel(cl) 

tmp <- split(info, info$chunks) 

# run using foreach 
by.chunk <- foreach(df = tmp) %dopar% { 
    sf::st_intersection(df, grid) 
} 

# combine list of data.frames 
combined <- ldply(by.chunck