如何將CI晶須添加到稀疏曲線

我需要製作一些稀疏曲線，並希望它們在置信區間條的邊緣顯示晶須，而默認情況下僅顯示沒有晶須的條紋：如何將CI晶須添加到稀疏曲線

library(vegan) 
data("dune") 
result <- specaccum(dune) 
plot(result, lwd=2)

默認稀疏曲線

我試着使用arrows FUNC添加一些晶須但specaccum函數的結果只包含標準偏差。所以我結束了一半的工作：

samples <- result$sites 
error <- result$sd 
richness <- result$richness 
arrows(samples, richness-error, samples, richness+error, angle=90, code=3, length=0.05)

與SD晶須

從我所搜索的內容，負壓曲線，最常見的方法是轉換將置信區間放入陰影區域（使用參數），然後將boxplot添加到繪製曲線。但是，這導致了我寧願避免的非常繁忙的圖像。

有沒有人有更優雅的解決方案？

來源

2017-07-28 Pedro Rocha

您忘記了乘數（請參閱?plot.specaccum中的參數ci）。你畫的是〜68％的置信區間。乘以2（ci = 2）給出了大約95％的置信區間，這是默認繪製的plot.specaccum。

包括你使用

plot(result) 
with(result, arrows(sites, richness - (2 * sd), sites, richness + (2 * sd), 
        angle = 90, code = 3, length = 0.05))

代碼的修改（默認）乘數我們得到：

可以忽略警告;最後繪製的數據點的標準誤差爲零

> result$sd 
[1] 2.3510636 1.8763851 1.5722711 1.4469584 1.3901594 1.3530349 1.3164796 
[8] 1.2749034 1.2282010 1.1763410 1.1193437 1.0564537 0.9874094 0.9115998 
[15] 0.8286890 0.7380921 0.6333903 0.5139710 0.3570714 0.0000000

和arrow()只是警告你，它不會畫一個長度爲0的箭頭。

來源

2017-07-28 21:05:12

很高興看到我接近達成解決方案。乾杯！ –

目前我們使用'segments'來繪製誤差線。我們可以切換到箭頭（...，code = 3，angle = 90）'，但這需要添加參數'ci.len'來設置垂直結束條的長度（默認'ci.len = 0'）。這會是可取的嗎？ –

你可以嘗試添加plotCI積：

library(vegan) 
library(plotrix) 
data("dune") 
result <- specaccum(dune) 

plot(result) 
plotCI(result$sites,result$richness,result$sd*2,err="y", lwd=2,add=TRUE, pch=NA)

我承認這也不是最優雅的選項，以及，但它的工作原理。

來源

2017-07-28 19:26:38 Ulluchu

不是最優雅的，但它做到了！非常感謝！ –

的素食主義者庫中github現已繪製的短橫條的誤差條與參數ci.length的選項。默認值爲零（無橫條）以保留舊的行爲。

來源

2017-08-03 06:12:07

如何將CI晶須添加到稀疏曲線

回答

相關問題