如何設置R_LIBS_SITE或如何共享包站點？

這是this question的一個有點泛化的版本。我該如何設置R_LIBS_SITE？在最新的R 3.3.1中，我無法在CentOS 7.2和openSUSE 42.1上獲得適當的值。如何設置R_LIBS_SITE或如何共享包站點？

在CentOS 7.2（Linux的x86_64的）與來自EPEL R I得到：

R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair" 
... 
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit) 
... 
> .libPaths() 
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" 
> .Library 
[1] "/usr/lib64/R/library" 
> .Library.site 
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" 
> R.home(component = "home") 
[1] "/usr/lib64/R"

但是，各Renviron包括以下內容：

$ grep R_LIBS_SITE /usr/lib64/R/etc/Renviron 
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library'}

顯然，該設置不正確時施加我開始R.然而，例如在同一個文件中的R_LIBS_USER中的變化被應用。此外，R_LIBS_SITE沒有完全被忽略，因爲它設置爲

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

產生

> .Library.site 
character(0)

我看不出R_LIBS_SITE可以在其他地方覆蓋。我得到中的R相同的行爲，當我與

R --no-environ --no-site-file --no-init-file

啓動它我可以重現與openSUSE的一個類似的行爲。

或者還有另一種建議的方式來設置所有用戶共享的包站點？

來源

2016-09-25 sebschub

問題的一種可能的解釋是，某些目錄不存在。不存在的目錄將從列表中靜靜地移除。所以，如果你設置

R_LIBS_SITE='/usr/local/lib/R/site-library'

和目錄不存在，.Library.site將是一個空字符串（如在你的例子）。根據示例中的輸出結果，如果目錄/usr/local/lib/R/site-library和/usr/local/lib/R/library不存在，它們將從Renviron文件的R_LIBS_SITE列表中以無提示的方式被刪除（同樣在輸出中）。

來源

2016-09-29 09:13:40

如何設置R_LIBS_SITE或如何共享包站點？

回答

相關問題