從R腳本運行bash腳本

Question

所以我有這個程序samtools，我想從cmd行使用，將一個文件轉換爲另一個。它的工作原理是這樣的：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta 

因爲我想自動執行此操作，我想通過使用R腳本來自動執行此操作。我知道你可以使用system（）來運行一個操作系統命令，但我不能得到它試圖

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta) 

工作難道僅僅是一個使用正則表達式來擺脫空間和東西，所以逗號次爭論的事系統（命令）是否可讀？我該怎麼做呢？

編輯：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > first_batch_1.fasta") Error: unexpected input in "system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

EDIT2：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\t\"; print \">\"$1\"\n\"$10}' - > filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS=" "; print ">"$1" 
awk: cmd. line:1:      ^unterminated string 
awk: cmd. line:1: {OFS=" "; print ">"$1" 
awk: cmd. line:1:      ^syntax error 
> 

EDIT3： 與獲獎者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta") 

Answer 1

調試這是使用cat的方式測試您的字符串是否已正確轉義。所以：

1. 與您的字符串
2. 小心逃避所有的特殊字符創建一個對象x，在這種情況下引號和反斜線
3. 使用cat(x)檢查結果字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta' 

cat(x) 
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta 

如果這給正確的字符串，那麼你應該能夠使用

system(x)