如何使用plink將vcf文件轉換爲ped文件？

我正在嘗試使用plink將.vcf文件轉換爲.ped文件。我已經閱讀了一些手冊和在線帖子，但似乎沒有人具體提到如何將vcf轉換爲ped。如何使用plink將vcf文件轉換爲ped文件？

我希望可能有一些專家在這裏有經驗與plink轉換vcf到ped。如果您能分享這些知識，我將不勝感激。此外，如果有另一種方式（非plink）這樣做，請分享它。

謝謝！

2016-09-23 NeverBe

將我的VCF文件砰砰格式（PED，兄弟，地圖），使用VCFtools： http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

我的命令是這樣的：

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink

2016-10-17 16:08:44

通常工作，但它未能與多倍體數據（如果他們被標記爲例如freebayes變體呼叫者）。 – jena

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