所有成對距離說我有一個關於動物的2D平面上的位置(如視頻監控從相機直接開銷確定)的數據。例如具有15行(1對於每個動物)和2列(x位置和y位置)如何計算二維
animal.ids<-letters[1:15]
xpos<-runif(15) # x coordinates
ypos<-runif(15) # y coordinates
raw.data.t1<-data.frame(xpos, ypos)
rownames(raw.data.t1) = animal.ids
矩陣我想要計算的動物之間的所有成對距離。也就是說,得到動物的距離(行1)動物於第2行ROW3 ... row15,然後重複所有行這一步,避免重複距離計算。這樣做的函數的期望輸出將是所有成對距離的平均值。我要澄清的是我的意思是簡單的線性距離,由下式d < -sqrt(((X1-X2)^ 2)+((Y1-Y2)^ 2))。任何幫助將不勝感激。
此外,怎麼會這樣被擴展到一個類似的矩陣與一個任意大的偶數列(表示x和y位置在給定時間點每兩列)。這樣做的目的是計算爲每兩列和輸出,每個時間點的表及其相應的平均成對距離平均成對距離。下面是數據結構的3個時間點的例子:
xpos1<-runif(15)
ypos1<-runif(15)
xpos2<-runif(15)
ypos2<-runif(15)
xpos3<-runif(15)
ypos3<-runif(15)
pos.data<-cbind(xpos1, ypos1, xpos2, ypos2, xpos3, ypos3)
rownames(pos.data) = letters[1:15]