如何計算R中的Pearson或Spearman相關性？

Question

我有一個數據幀：

name   sample1.bed sample2.bed sample3.bed 
sample1.bed  1    0.0378736 0.044313 
sample2.bed  0.0378736  1   0.270536 
sample3.bed  0.044313  0.270536  1 

我想要計算皮爾遜或Spearman相關，然後繪製從數據幀波紋管熱圖曲線圖。

我的原始數據：

fBrain-DS14718 fBrain-DS14718 1.000000 

fBrain-DS14718 fBrain-DS16302 0.354341 

fBrain-DS14718 fHeart-DS15643 0.240543 

Answer 1

看來你的數據框已經是一個相關矩陣。如果您有原始數據，則可以在矩陣中使用cor函數，並使用'spearman'或'pearson'作爲參數。然後將結果傳遞給gplots包中的heatmap.2以使其可視化。