R RPostgreSQL使用SSL連接到遠程Postgres數據庫

我嘗試使用RPostgreSQL軟件包從R內連接到遠程PostgreSQL數據庫，並且出現與連接的SSL設置有關的錯誤。我已驗證可以使用psql從命令行進行連接，因此我知道該連接是有效的，並可從我的計算機訪問。R RPostgreSQL使用SSL連接到遠程Postgres數據庫

我在R中連接的第一次嘗試是以下（其中<MyHost>和<MyPass>是爲我的連接正確填寫）：

library(RPostgreSQL) 
pg <- dbDriver('PostgreSQL') 
con = dbConnect(pg, host=<MyHost>, dbname='warehouse', 
       user='warehouse', password=<MyPass>, port=5432)

我在R接收的錯誤是：

RS-DBI driver: (could not connect [email protected]<MyHost>.com:5432 on 
dbname "warehouse": FATAL: no pg_hba.conf entry for host "75.166.243.177", 
user "warehouse", database "warehouse", SSL off

我理解這意味着我需要對我的連接應用SSL加密，所以我嘗試了以下內容，這似乎適用於此處的OP：Connect to Postgres via SSL using R

library(RPostgreSQL) 
pg <- dbDriver('PostgreSQL') 
con = dbConnect(pg, host=<MyHost>, dbname='dbname=warehouse sslmode=require', 
       user='warehouse', password=<MyPass>, port=5432)

然後我收到的錯誤是：

RS-DBI driver: (could not connect [email protected]<MyHost>:5432 on dbname 
"warehouse": sslmode value "require" invalid when SSL support is not 
compiled in

我發現這個職位（Postgres SSLMode Value "require" Invalid When SSL Support Is Not Compiled Using Foreign Data Wrapper），暗示我的PostgreSQL的構建可能沒有包括--with-openssl標誌，當它被編譯，但運行pg_config透露，這個標誌確實在我的構建中。這很有道理，因爲當我使用psql命令行工具時，我能夠使用SSL連接到數據庫。

擔心我的PostgreSQL安裝可能有問題，我完全刪除它。然後我運行了上面的兩個R代碼片斷，僅僅用於踢腿，而我收到了完全相同的錯誤。我沒有想到這一點，但這似乎表明，（a）我不需要本地安裝PostgreSQL來使用RPostgreSQL軟件包，或者（b）我的計算機上有其他地方的PostgreSQL混淆安裝不是內置--with-openssl標誌。我在命令行試過locate postgresql，沒有看到任何明顯的東西，看起來像是單獨安裝。在任何情況下，我仍然無法成功地從R內部連接到遠程PostgreSQL數據庫。

我已經在這裏搜索了Stack Overflow以獲得洞察，並且似乎有一些類似的未解決的問題性質，用戶由於某種原因無法與遠程服務器建立連接。我試圖安裝KirillMüller在此處維護的RPostgres軟件包（https://github.com/rstats-db/RPostgres），但我無法通過R軟件包安裝來識別我的本地PostgreSQL安裝，即使嘗試使用R CMD INSTALL手動指定include和lib路徑作爲結果提示錯誤信息（雖然我可能錯過了某些內容......）。聽起來好像有些用戶的RPostgres的運氣好於RPostgreSQL，但是我再次無法安裝這個軟件包。

如果我不知道如何建立連接，我將不得不採取其他技術。任何幫助將不勝感激。

來源

2017-09-04 bmosov01

這裏有一些信息。我爲已安裝的'RPostgreSQL'軟件包運行'otool -L RPostgreSQL.so'，輸出指向'/ usr/lib/libpq.5.dylib'（'otool'是Mac版Linux的'ldd'來查找庫一個二進制鏈接到）。這是* not *從我安裝的Postgres.app的'libpq'的位置，這裏是：'/ Applications/Postgres.app/Contents/Versions/9.6/lib/libpq.5.dylib'。我不知道'/ usr/lib'中的版本來自哪裏，但似乎沒有編譯SSL支持;這是RPostgreSQL正在使用的。我怎樣才能強制'RPosgreSQL'使用其他'libpq.5.dylib'？ – bmosov01

感謝發佈！你實際上幫助我們解決了它。下面是我們如何做到了：

重新啓動你的Mac進入恢復模式重新啓動計算機，並按住命令 + [R，直到屏幕上出現蘋果標誌。
點擊Utilities>Terminal。
在終端窗口中，輸入csrutil disable並按Enter鍵。
重新啓動您的Mac。
打開終端。
運行sudo rm /usr/lib/libpq.5.dylib
運行sudo ln -s /Applications/Postgres.app/Contents/Versions/9.6/lib/libpq.5‌.dylib
現在，您可以連接到數據庫。

來源

2017-10-20 21:47:14

感謝您的回覆。是否需要使用'csrutil disable'關閉Mac的系統完整性保護（SIP），以便操作系統可以刪除'/ usr/lib/libpq.5.dylib'？也就是說，一旦我刪除這個文件（或者至少重命名它直到我確定我不需要它），我可以運行'csrutil enable'來重新啓用SIP嗎？ – bmosov01

R RPostgreSQL使用SSL連接到遠程Postgres數據庫

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