'找不到命令'在apache中使用子進程時出錯'

我想將我的django項目從開發服務器移到生產服務器。我用一個（BIG）例外解決了幾乎所有的問題。當我在終端中運行以下代碼（使用python manage.py shell）時，它工作正常，但是通過我的apache服務器（使用mod_wsgi）運行時運行不正常。'找不到命令'在apache中使用子進程時出錯'

我的代碼：

... 
    blastn_cline = NcbiblastnCommandline(query=filepath, db=db, evalue=0.1, outfmt=5, out=out, task="blastn-short", dust="no") 
    process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE) 
    proc_out, proc_err = process.communicate() 
    err_log = open('/Users/basehunt/logs/ncbi_error_log.log', 'a+') 
    err_log.write("\n"+str(datetime.datetime.now())+": "+str(proc_err)) 
    err_log.close() 
    ...

當我在看我的日誌文件 ncbi_error_log.log我通過終端我得到運行後（作爲一個例子）

：

2011-12-17 12:30:54.771292:

所以沒有錯誤。然而，當我通過我的Apache服務器上運行我得到：

2011-12-17 12:28:59.755323: /bin/sh: blastn: command not found

我已經嘗試瞭解決這個問題的廣泛搜索，但無法找到任何東西，讓修復 - 儘管我希望我昭然若揭失去了一些東西很明顯，所以我可以很快地對此進行分類

附加信息：

OS X雪豹
Python版本2.7.2是

的Django 1.3
PATH包含BLASTN目錄

如果您想要查看任何其他代碼，請告訴我。

解決：

通過改變

process = subprocess.Popen(str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

到

process = subprocess.Popen('/Users/basehunt/BLAST/ncbi-blast-2.2.25+/bin/'+str(blastn_cline),shell=True,stdout = subprocess.PIPE, stderr = subprocess.PIPE)

，以絕對的指向功能。非常感謝。

來源

2011-12-17 rjralgar

在Apache/mod_wsgi下運行時，您必須使用完整路徑名稱來運行程序或任何正在訪問的文件。這是因爲您的用戶PATH不被Apache繼承或使用。進程的當前工作目錄也可以是任何東西，所以不能依賴於相對路徑。

因此，使用'/ some/path/blastn'替換'/ some/path /'，而不是使用程序所在位置的完整路徑。

來源

2011-12-18 00:53:28

嗨格雷厄姆，非常感謝。正如我在編輯中提到的那樣，我需要用''''而不是'/'來指定我的路徑。不知道這是爲什麼。另外，你對這個問題刪除的有關'/ bin/sh'搞亂的評論是如此的正確......這樣做真的和我的服務器搞砸了，我不得不做很多救援。另外，在modwsgi上做的很棒！再次感謝。 – rjralgar 2011-12-19 01:03:07

你不應該需要雙斜槓，所以不知道那裏發生了什麼，除非你第一次更改代碼時沒有重新加載代碼。甚至無法想象爲什麼你會想到首先嚐試雙斜槓。關於源代碼重新加載的問題，可能是http://code.google。com/p/modwsgi/wiki/ReloadingSourceCode – 2011-12-19 01:37:56

完全正確 - 我沒有正確地重新加載我的源代碼，完全愚蠢。沒想到我從一開始就沒有寫過斜線，但git告訴我我做過了（爲什麼我會這樣做，我不知道 - 認爲我的大腦已經從這個'/ bin/sh'問題中被炒掉了）。無論如何，再次感謝。 – rjralgar 2011-12-19 01:45:52

'找不到命令'在apache中使用子進程時出錯'

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