應用ifelse使用另一個data.frame的索引

我想有條件地使用嵌套的ifelse（）語句替換一個數據框中的值與另一個數據框中的值。但是我在使用apply將它擴展到整個數據框時遇到了問題。如果可能的話，我想避免循環和非基本包。應用ifelse使用另一個data.frame的索引

第一個是六個obs的數據框。 10個字符變量：

> snp_test 
    L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 L9 L10 
1 1 2 - 0 2 0 0 0 0 2 
2 1 0 - 0 - 1 0 - - 2 
3 - - - 0 - - 0 - - 1 
4 2 0 0 0 0 - 0 0 0 0 
5 2 0 - 0 2 - 0 0 0 1 
6 1 0 - 0 0 0 0 0 - 0

第二個包含三列數據（字符;每個是由空格隔開的兩個字母）與每個變量：

> locus_test 
    locus gt0 gt1 gt2 
1  L1 G G A A G A 
2  L2 T T G G T G 
3  L3 A A C C A C 
4  L4 T T A A T A 
5  L5 G G C C G C 
6  L6 C C A A C A 
7  L7 T T C C T C 
8  L8 A A G G A G 
9  L9 A A G G A G 
10 L10 G G A A G A

我想替換的值在snp_test中使用locus_test中的值。例如，當L1 == 1時，1將被替換爲locus_test $ gt1（「A A」）中的相應值。當L1 == 2時，使用gt2列中的值（「G A」）。

我可以爲每個變量分別做到這一點：

ifelse(snp_test[,1]==1,locus_test$gt1[locus_test$locus =="L1"],snp_test[,1])

然後我要嵌套的ifelse，使得三個不同的值被替換爲在locus_test它們相應的值，例如：

ifelse(ifelse(snp_test[,1]==1,locus_test$gt1[locus_test$locus =="L1"],snp_test[,1])==2,locus_test$gt2[locus_test$locus =="L1"],ifelse(snp_test[,1]==1,locus_test$gt1[locus_test$locus =="L1"],snp_test[,1]))

等等......

但是當我將這個應用於snp_test的所有變量，即

apply(snp_test,2,function(x)ifelse(x==1,locus_test$gt1,x))

locus_test $ gt1的前六個值被用作替換值，而不是與每列相關的單個值。所以我想知道如何添加必要的索引，以便在例如snp_test的L1列中取代的值只能是與locus_test中的L1對應的三個變量之一。

換句話說，我怎麼可以指定ifelse的子集部分：

locus_test$gt1[locus_test$locus =="L1"]

在申請

？

來源

2017-05-08 asmith

這裏有一種方法

library(tidyverse) 
left_join(
    snp_test %>% tibble::rownames_to_column() %>% gather(locus, key, -rowname), 
    gather(locus_test, key, value, -locus) %>% mutate(key=substr(key,3,3)), 
    by = c("locus", "key") 
) %>% 
    select(-key) %>% 
    mutate(value=if_else(is.na(value),"-",value)) %>% 
    spread(locus, value) 
# rowname L1 L10 L2 L3 L4 L5 L6 L7 L8 L9 
# 1  1 AA GA TG - TT GC CC TT AA AA 
# 2  2 AA GA TT - TT - AA TT - - 
# 3  3 - AA - - TT - - TT - - 
# 4  4 GA GG TT AA TT GG - TT AA AA 
# 5  5 GA AA TT - TT GC - TT AA AA 
# 6  6 AA GG TT - TT GG CC TT AA -

來源

2017-05-08 15:50:37 lukeA

應用ifelse使用另一個data.frame的索引

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