無向igraph圖顯示邊緣一端與頂點之間的間隙

Question

考慮用igraph生成的非常簡單的無向圖的圖。

library(igraph) 

edges = matrix(c(1,2), nrow=1, ncol=2) 
g = graph.edgelist(edges, directed=FALSE) 
set.seed(42) 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 

有邊緣和頂點2之間小的差距，但不是邊緣和 之間頂點1.是否有消除這一差距的一種方式？

我真正在使用的圖形較大，邊緣較短的邊緣很多 。雖然在上面的例子中差距幾乎沒有被注意到，但在我的情況下，它是 混淆。

Answer 1

這確實是igraph中的一個bug，它發生的原因是igraph在那裏爲箭頭留下一些空間，即使箭頭不在那裏。我將在下一個igraph版本中修復它。

作爲一種解決方法，您可以做的是將每個邊緣兩次繪製在彼此之上。爲此，您需要定向圖形，然後使用edge.arrow.mode選項來避免箭頭。這是有效的，因爲只有邊的一端被箭頭繪圖儀修改。以這種方式繪製圖表有點愚蠢，但目前我找不到更好的解決方法。正如我所說的，新版本（0.6.4之後的版本）不會有這個問題。

library(igraph) 

# Zoom in on the critical region, although the gap always has the 
# same size, unless you make the plotting window bigger 
g <- graph(c(1,2), directed=FALSE) 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='', 
    rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1), 
    layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11") 

# This plot should have no gaps 
g2 <- as.directed(g, mode="mutual") 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(g2, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='', 
    rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1), 
    layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11", 
    edge.arrow.mode="-") 

Answer 2

我閱讀?igraph頁面，並看到了一個建議，使用'好看的反鋸齒開羅設備'?igraph。

所以，我想

library(Cairo) 
Cairo(1600, 1600, file="plot.png", type="png", bg="white") 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 
dev.off() 

，並

CairoPDF("plot.pdf", 6, 6, bg="transparent") 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 
dev.off() 

無論是PNG和PDF版本的樣子有不小的差距。

讓我知道它是否適合你。