從FASTA文件刪除第一條記錄在Python

Question

我有以下格式的小FASTA文件：

>gene_1 + other data 
seq 1 
>gene_1 + other data 
seq2 
>gene_1 + other data 
seq3 

我想刪除的文件的第一個元素。這是一個龐大的Python腳本的一部分，一旦我已經使用該seq，並提取了它的有趣部分，我想從文件中刪除它。最終，文件將被清空，因此我可以從文件夾中刪除它。 因爲我一直在使用Biopython，所以我試圖查看是否可以在Biopython中找到一個函數，但是我找不到有關如何從fasta文件中刪除記錄的任何提示。由於SeqIO有一個列表，我嘗試了list.remove(list[0])方法，但它不起作用。對此有何想法？我遇到某人要求我發佈劇本，劇本約200行。 謝謝。

Answer 1

這裏的東西簡單，讓你開始：

import sys 
from Bio import SeqIO 

filename = sys.argv[1] 

sequences = [] 

for not_first, record in enumerate(SeqIO.parse(filename, 'fasta')): 
    if not_first: 
     sequences.append(record) 

SeqIO.write(sequences, 'truncated-' + filename, 'fasta') 

這不是最佳的，我們要避免讀取他們都到內存中，而是隻處理一次一個漫長的序列也不需要大數量的序列。但這是一個開始的地方。